Как в любом другом месте Средиземноморья, приблизительно с 5 столетия нашей эры, главенствующая роль в обществе была прежде всего у Церкви.
Главной последней старинной церковью в Бутринт была Великая Базилика рядом с Воротами Башни. Фактически, она была основным собором Бутринта. Вероятно, что епископ всегда присутствовал здесь между 7-ыми и 10-ыми столетиями.
Секции мозаичного тротуара могут все еще быть замечены в центральном проходе около алтаря. На них изображены живые многоцветные группы плюща, характерные для никопольской мозаики. Великая Базилика может быть датирована второй четвертью 6-ого столетия нашей эры.