Первый храм на вершине Анакопийской горы был выстроен в VI-VII вв. и посвящен Пресвятой Богородице. Из средневековых грузинских летописей XI в., описывающих битву у стен Анакопии с арабами в 30-х г. VIII в. дошло свидетельство о чудодейственной силе Анакопийской иконы Пресвятой Богородицы: «Не рукотворное писание, а ниспосланное свыше, о котором никому не известно, кто нашел его на верхушке той горы…». Позже, в XI в., храм был перестроен и посвящен Святому Великомученику Феодору Тирону. Об этом свидетельствует эпиграфический памятник, найденный в цитадели. Остатки храмовых построек цитадели разных времен не изучены в полной мере. Последние изменения были произведены монахами Новоафонского монастыря в начале XX в. Тогда были расчищены завалы южного придела храма и смежного с восточной стороны помещения, назначение которого неизвестно. Внутри древнего храма была выстроена часовенка, в алтарном пределе были установлены каменные детали древнего храма. Частично была изменена планировка прилегающей территории и произведены докладки стен пристроек храма.
Недалеко от церкви еще в древности в скале была выдолблена цистерна (осадочный колодец) для сбора дождевой воды и водосборная терасса над ней. В XX в. монахи расчистили древнюю цистерну, и вот уже почти 100 лет как не иссякает в “колодце” чистая питьевая вода. Углубление диаметром около метра и глубиной 25 см, сквозь которое в емкость просачивается вода, возможно, изначально карстового происхождения. В древности в него собиралась с крыш дождевая вода, в наше время вода, возможно, поступает благодаря образованию конденсата на холодных стенах цистерны от теплых влажных воздушных масс. Колодец этот считается одним из «чудес» нагорной крепости. Уже долгое время он привлекает сюда множество паломников.
