Немецкая лютеранская община была основана в Виндхуке 20 января 1896 года. Вначале службы проходили в церковном зале, а пасторат был освящен 1 ноября 1896 года. Идея построить церковь существовала с самого начала основания общины. Участок земли под застройку был выделен уже в 1898 году, а проект храма, разрабатывавшийся архитектором Редекером, был готов в 1900 году. К сожалению, начавшаяся Первая мировая война задержала его реализацию.
Строительство храма началось только в 1907 году. Земля под него была выбрана на вершине холма, видимого с большого расстояния, а название - Церковь Христа - было выбрано с целью символизировать идею мира. Законченная церковь обошлась ее создателям в 360 тысяч немецких марок, что в два раза превысило первоначально планировавшуюся смету. Возведением руководил архитектор Редекер, то есть человек, который ее и задумал. Единственным строительным материалом служил местный песчаник, добывавшейся в окрестностях нынешней плотины Авис, а для его транспортировки к строительной площадке была построена небольшая железнодорожная линия. Портик из каррарского мрамора был привезен из Италии, в то время как детали крыши, часы и другие материалы были отправлены из Германии.
Освящение Церкви Христа состоялось 16 октября 1910 года. Оригинальный запрестольный образ, являющийся копией знаменитого образа Рубена «Воскрешение Лазаря» в поздние годы был перемещен в художественную галерею. Копия была сделана берлинской художницей Кларой Берковски и передана в дар губернатору Сайтцу незадолго до Первой Мировой войны. Оригинальная живопись была уничтожена в Берлине в 1945 году.
Храм Христа был реконструирован в 1967-1972 годах. Рифленая железная крыша была заменена на плитки. Внутри на церковной стене имеется бронзовая табличка с именами немецких солдат, морских пехотинцев и мирных жителей, погибших в ходе восстания народностей нама и гереро в 1903-1907 годах.
