Церковь Сен-Жермен является одной из самых старых в Женеве. При раскопках в церкви были найдены фрагменты алтаря, датируемые пятым столетием.
Частично восстановленная после большого пожара, который разорил Старый город в 1344 году, церковь (за исключением шпиля) была полностью реставрирована в 15-м столетии. В 1535 году настоятель церкви, присоединившись к Реформистам, пригласил для проповедей в церкви Гийома Фарела.
В 1803 году церковь вновь стала католической после вторжения французской армии. В 1870 году антиклерикальное движение распространилось повсюду в Европе. Осудивший это движение Папа Римский Пий IX обвинил его в ереси. В 1873 году церковь Сен-Жермен была присоединена к католическим христианским церквям Женевы.
