Порт Сантандера находится на заливе Сантандера, части Бискайского залива.
История порта уходит вглубь времен, так как именно строительство порта и послужило причиной основания здесь города. После окончания кантабрийских войн римлянами в 19 году до н.э. здесь был основан порт Победы - некоторые исследователи напрямую связывают его с портом Сантандера. Отсюда шёл активный экспорт полезных ископаемых в столицу империи. В Средние века порт Сантандера является одним из ведущих в королевстве Кастилии. В 1639 году здесь основывается судоверфь.
На территории порта находятся три маяка, Дворец фестивалей Кантабрии, Планетарий, Морской музей Кантабрии, а также различные промышленные постройки.