В соборе Бадахоса находятся уникальные реликвии. Это произведения живописи, скульптуры и ювелирного искусства.
В кафедральном соборе хранятся живописные работы, выполненные в 16 веке Луисом де Моралесом. Это «Святой Иероним», «Поклонение волхвов» и «Благовещение». Они находились в ретабло в снесенной капелле.
В церковном собрании есть картины и кастильских мастеров. Так, например, в церковной коллекции находится «Непорочная Дева в цветах».
Есть здесь и копии работ Рафаэля – «Святое семейство» и «Рождество». Одним словом, коллекция живописи собора исключительно богата и разнообразна. В основном, это сюжеты из жизни Девы Марии, Христа и святых.
Что касается хранимой в церкви скульптуры, то в первую очередь внимания заслуживает статуя святого Иоанна Крестителя. Это практически метровая скульптура, вырезанная из слоновой кости и стоящая на пьедестале. Она была привезена с Филиппин во второй половине 17 века, а потому является уникальным образцом испано-филиппинского искусства. Такое же происхождение и у статуи святого Михаила. Обе скульптуры были подарены собору Франсиском Герреро Ардила в 1682 году.
Ещё одна скульптура из слоновой кости – это 50-сантиметровое распятие, приписываемое Кармона и выполненное в 18 веке.
Отдельного упоминания заслуживает церковная утварь. Это всевозможные чаши, подносы и дароносицы, созданные в 16-19 веках. Жемчужиной этого собрания является Дарохранительница Хуана де Бургоса. Она выполнена в стиле платереско из серебра и позолоченных украшений - рельефов на тему Страстей Христовых. Создана дарохранительница была в Вальядолиде в 16 веке.
Кроме всего прочего в соборе хранятся богато вышитые литургические облачения различных эпох и важные документальные свидетельства и книги.