Церковь святого Андрея находится в 500 м на юго-запад от Кафедрального собора. Церковь была построена в 16 веке под руководством архитектора Педро де Алвис, который сотрудничал с мастером-каменщиком Себастьяном де Арнани. Тогда же были выкованы решетки на двух окнах центральной части фасада церкви. В то время Куэнка славилась ковальными мастерскими. Однако строительство церкви было приостановлено на неопределенное время, и лишь в конце 16 века Хуанес де Миндесабаль и его зять, Педро де Агирре, решили продолжить возведение церкви.
Глубокий кризис, который постиг город в первой половине 17 века, в очередной раз заставил заморозить строительство церкви. За это время влажность воздуха нанесла серьезный ущерб стенам и сводам клироса. Также значительно пострадал фундамент церкви. Строительные работы продолжились в конце 17 века. Также были построены арки, окружающие пресвитерий.
Фундамент церкви святого Андрея имеет трапециевидную форму, что объясняется небольшой площадью, отведенной под строительство церкви. Архитекторы Алвис и Арнани построили стены церкви, но не придали ей завершенный вид. Дело в том, что архитектор Алвис предпочитал строить готические церкви, поэтому достраивать свод, сомкнутый ассиметричными перекрытиями для церкви неготической стилистики, было для него проблемой. Что интересно, церковь так и осталась без свода.
Парадный вход церкви сконструирован очень грамотно, однако в результате разрушения косяков значительно пострадали его пропорции. Колонны церкви в тосканском стиле, которые словно вырастают из высоких пьедесталов, украшены барельефом. В центральной части, которая заканчивается треугольным фронтоном, расположен крест. В небольшой нише на фасаде церкви находится образ святого Андрея. Башня возвышается у подножия церкви и придает благородный вид площади и улице дель Песо, на которую она выходит.
Неф поделен на три сектора, каждый из которых отделен колонной. Своды нефа опираются на столбцы, расположенные у стен. Для строительства ризницы архитектору пришлось укоротить колонну, которая начинается с кронштейна. Педро де Алвис очень часто использовал этот тип поддерживающей конструкции. В первом пролете по обеим сторонам нефа находятся арки, украшенные в стиле платереско незамысловатыми изображениями.
Пресвитерий окружен арками, расположенными между колоннами. Поверх арок находятся полукруглые окна. К сожалению, красивейшие украшения арок в стиле барокко не дошли до наших дней, поэтому сейчас они представляют собой простые арочные конструкции.
Во внутреннем убранстве церкви стоит отметить элементы, присущие эпохе Возрождения. Например, гротескные пилястры, зеркала, пазухи свода, украшенные цветочным орнаментом.
