Базилика Богоматери Бегоньи, покровительницы Бискайи, находится примерно в 1 км на северо-восток от кафедрального собора Бильбао. Базилика располагается в районе Сальве, который был назван так потому, что этот берег с церковью на нём был первым, что видели возвращавшиеся в Бильбао моряки. Когда они видели церковную колокольню, то приветствовали (Salve (лат.) – «здравствуй, привет тебе») Богоматерь Бегонью, которая защищала их во время плаваний.
Известно, что первоначально церковь имела один неф с деревянной крышей, с одной каменной часовенкой, где находилась скульптура Богоматери и хор, а также деревянный портик. О размерах этой церкви доподлинно ничего неизвестно, но, предположительно, она была размером с центральный неф современной постройки. Также известно, что церковь имела большое алтарное украшение во фламандском стиле, на котором были изображены 14 сцен из жизни Девы Марии.
Башня церкви была спроектирована другим архитектором, Мартином де Гарита. Позже были построены ещё два нефа церкви, покрытые в 17 веке крестовыми сводами на основе десяти массивных цилиндрических колонн. Строительство церкви длилось около века и завершилось в 1621 году хором работы Мартина де Сальбидеа.
На протяжении этого века строительства первоначальный готический стиль храма начал претерпевать некоторые изменения. Так, в середине 16 века был построен главный вход в церковь в виде роскошной маньеристской триумфальной арки. Ещё одним отступлением от готического стиля был церковный хор, выполненный в классическом стиле.
Скульптура Богородицы вернулась в новую церковь лишь в 1603 году, когда её установили на алтаре. В 1607 году историк и художник Франсиско Мендиета расписал интерьер недавно освящённой церкви свадебной сценой. В 1640 году архитектор и скульптор Педро де ла Торе начал работу над строительством нового алтарного украшения, которое было завершено другим скульптором, Антонио де Альоитис.
5 августа 1808 года во время Первой Карлистской войны (1833-1840) французское войско под предводительством генерала Мерлина захватило город и базилику Богоматери Бегоньи, убив её священника. Церковь сильно пострадала во время последних годов войны из-за своего выгодного стратегического положения. Сумалакарреги (Томас де Сумалакарреги (исп. Tomás de Zumalacárregui y de Imaz; 29 декабря 1788 — 24 июня 1835) — предводитель испанских карлистов) избрал церковь для размещения в ней артиллеристской батареи во время осады города. Несмотря на то, что церковь практически не пострадала до самого отступления карлистов, в 1835 году войско кристиносов подорвало церковную колокольню, часть сводов и фасад, чтобы враг не смог использовать здание в своих целях.
Спустя год карлистские войска снова задались целью завоевать город. На этот раз церковь сделало своим фортом войско кристиносов. Солдаты использовали в качестве растопки всё, что было в церкви: алтари, алтарные украшения, шкафы… и даже дощатый пол. Скульптура Богородицы была спасена лишь благодаря тому, что её заблаговременно перевезли в церковь Иакова (нынешний кафедральный собор). 1 августа 1841 года скульптура была возвращена обратно.
Работы по строительству новой башни завершились в 1850 году, хотя в 1652 году её верхняя часть была разрушена молнией, после чего на ней был установлен первый громоотвод. Также в этот период было создано современное алтарное украшение в стиле необарокко работы Модесто Эчаниса 1869 года. В 1873 году история повторилась, когда с началом Второй Карлистской войны церковь снова оккупировали и снова подорвали колокольню и свод нефа. В третий раз башню отстроили в 1881 году, однако уже в начале следующего столетия она снова была разрушена.
Нынешний фасад и башня являются произведениями архитектора Хосе Мария Бастерра 1902-1907 годов, а нынешняя ризница была построена между 1900-1903 годами. После литургической реформы из церкви убрали большую церковку, стоявшую у подножия скульптуры Богородицы, а также статуи апостолов, украшавших колонны нефа.
В 1993-94 годах в церкви были проведены работы по очищению стен, а также ремонту часов и курантов колокольни. Куранты имеют 24 колокола (самый большой из них весит больше тонны) и были привезены из Швеции. Они были построены в 1922 году и на сегодняшний день могут воспроизводить семь разных мелодий.
