Организован в 1936 г. Расположен в Республике Карачаево-Черкессии, на северных склонах Западного Кавказа. Состоит из двух участков: один расположен в верхней части бассейна р. Теберды, другой — в 150 км к западу, в долине р. Кизгич. Площадь 84 996 га, из них 29 737 га — лесопокрытая, 24 576 га занимают луга и 420 га — водоемы.
Рельеф горный, наивысшая точка — массив Домбай-Ульген имеет высоту 4042 м над ур. м. Основные горные породы — граниты, гнейсы, амфиболиты, кристаллические и хлоритовые сланцы. Большая часть территории представляет собой гранитное поле. В результате различной структуры и твердости гранитов гребни хребтов резко изломаны, обрывисты, богаты осыпями, часто расчленяются на отдельные шпили, иглы, пики. Скалистые вершины часто причудливой формы. Долина р. Теберды носит следы древнего оледенения. В заповеднике насчитывается более 100 озер ледникового происхождения. Большинство их расположено высоко в горах (2700-3000 м над ур. м.) — в карах, каменных чашах, образованных ледником на склонах хребтов, и большую часть года находятся под снегом и льдом.
Климат умеренно теплый, с прохладным летом, мягкой зимой и обильными осадками. В Тебердинскую долину с Главного хребта часто дуют теплые и сухие ветры — фены, которые зимой вызывают оттепели. Средняя температура лета 15,5° С, зимы -2,2° С. Среднегодовое количество осадков в Теберде 700 мм, а на Северном приюте, в районе Клухорского перевала, — около 2000 мм. По мере подъема в горы климат резко меняется и в альпийском поясе близок к климату тундры.
В прямой зависимости от отчетливо выраженной вертикальной климатической зональности находится и распределение растительности.
Выделяются три пояса растительности: горные леса (до 2000-2400 м над ур. м.), субальпийские луга (до 2500-2600 м) и альпийские луга. В лесном поясе преобладают хвойные породы — сосна крючковатая, пихта кавказская и ель восточная.
Кроме них, встречаются до 100 других пород деревьев и кустарников: клены, граб, бук, тис ягодный (реликт третичного периода), ценные для селекции яблоня, груша, алыча, черешня, терн, малина, смородина, крыжовник, барбарис, а также рябина, черемуха, лещина, жимолость, бересклет, рододендроны кавказский и понтийский. Из травянистых растений характерны борщевик, дудник, аконит, колокольчики, овсяница пестрая, купальница, con-трава и др. Всего на территории заповедника зарегистрировано 1250 видов высших растений, в том числе 186 эндемиков Кавказа и 2 эндемика заповедника (тонконог одноцветковый и первоцвет почколистный).
В составе фауны 43 вида млекопитающих, 170 — птиц, 7 — пресмыкающихся, 4 — земноводных и 3 вида рыб. В лесном поясе большую часть года держатся кабан, кавказский олень, кавказский бурый медведь, рысь, лесная кошка, лисица, волк, каменная куница, алтайская белка, кавказская ласка, горностай, заяц-русак и др. В 1968 г. в Архызе, в ущелье Кизгич были выпущены зубры. Из птиц обитают бородач, беркут, филин, неясыть, чеглок, кавказский улар, тетерев, кеклик, стенолаз, дятлы, сойки, синицы, поползни, дрозды, кавказская большая чечевица и др. Из пресмыкающихся встречаются ящерицы прыткая и скальная, веретеница, степная гадюка, медянка, уж; из земноводных — лягушки малоазиатская и озерная, зеленая жаба и квакша. Среди рыб наиболее распространена форель.
Основное направление научных исследований заповедника — разработка методов охраны, восстановления и рационального использования горных лугов и лесов, имеющих водо-охранное, почвозащитное и курортно-климатическое значение, а также ценных видов животных (тура, серны, улара и др.). С 1952 г. ведутся успешные опыты по выращиванию женьшеня. В заповеднике имеется музей природы, демонстрационные вольеры с дикими животными и альпинарий.
