Спасский монастырь является одним из самых древних на территории Центральной Руси. Первое упоминание о нем датируется 1186 годом. Помимо своего богатого исторического прошлого, монастырь известен и благодаря другим фактам. Так, в 1213 году в нем был основан Григорьевский притвор – первое учебное заведение на Руси. Начиная с этого момента, в Спасском монастыре начинает складываться уникальная библиотека, самым раритетным и дорогим экземпляром которой является обнаруженная в 1788 году «Повесть о полку Игореве», сохранившаяся в единственном экземпляре.
С XIII по XVI века монастырь представлял собой очень крупное землевладение, настоятель которого носил почетный сан архимандрита. Обширные земли были надежно укреплены от набегов врагом. В 1609 году Спасский монастырь смог не поддаться осаде поляков и выдержать все атаки неприятеля. Именно отсюда в 1612 году начало свой доблестный путь ополчение Пожарского и Минина, ратующих за освобождение Москвы. В 1747 году в монастыре начинает свою работу духовная семинария, ставшая одной из первых в России. В 1787 году Спасский монастырь был переделан в резиденцию ярославских и ростовских архиепископов. С приходом советской власти в здании разместили Ярославский архитектурно-исторический музей-заповедник.
Крестовая (Рождественская) церковь с Трапезной палаты тоже были построены в начале XVI века. Внутренняя композиция трапезной напоминает кремлевскую Грановитую палату. Крестовая (Рождественская) церковь представляет собой одноглавый четырехстолпный храм на подклете небольшого размера. На сегодняшний день у церкви отсутствует купол, и ее используют как помещение для музея.
В 1218 году в монастыре возвели Входоиерусалимскую церковь, которая, к сожалению, не сохранилась до наших дней. в начале XVII века ее сменили новым храмом, который завершался тремя главами. В 1831 году во времна борьбы с архитектурой древности этот храм заменили примитивным сооружением с куполом и однорядной колоннадой в стиле классицизма. Здание было освящено во имя чудотворцев из Ярославля и получило соответствующее название - Церковь Ярославских чудотворцев. Храм Ярославских чудотворцев вплотную примыкает к Спасо-Преображенскому собору.
Помимо трех перечисленных храмов, на территории Спасского монастыря находятся Святые ворота, возведенные в 1516 году, звонница, кельи и покои настоятеля.