Четвертого октября 1552 года государь Иван Васильевич въехал в побежденную Казань. Он побывал в ханском дворце, после чего «повеле разрушенная места, - как повествует автор «Казанской истории», - поравнати и воставити, и крепце заздати, и боле стараго приставити града...». Затем Иван IV самолично выбрал места, где в тот же день 4 октября выросли три деревянные церкви: соборная, во имя Благовещения Богородицы в кремле и во имя Спаса Нерукотворного Образа, и в честь святых Киприана и Устины, между кремлем и Гостиным двором. Одновременно, согласно указу царя, началось восстановление разрушенных стен и башен кремля. Весной 1553 года здесь развернулось каменное строительство, которое шло крайне медленно. К 1555 году все же удалось построить часть крепостных стен и закончить в камне Спасскую церковь. Недовольный медленным ходом строительства, Иван Грозный повелел псковскому мастеру-градоимцу Ивану Ширяю «со товарищи» - около 200 человек «ломцов и стенщиков» - ехать в Казань «к весне камень ломати и в Казани новый град камен делати». Общее руководство строительными работами было поручено «церковных и городовых дел мастеру Постнику Яковлеву».
Вскоре Казанский кремль начинает приобретать знакомые нам очертания. На юго-востоке стены его были отодвинуты метров на сто к Гостиному двору, и таким образом церкви Спасская, Киприана и Устины оказались на его территории. Спасская церковь оказалась как бы поглощенной новой большой проездной башней кремля, которая и получила от церкви свое название - Спасская. Новая башня имела квадратное основание 23 на 23 метра толщиной 2,25 метра из белого тесаного камня-известняка, и два яруса, покрытые шатровой деревянной крышей с дозорной вышкой. Проезд через Спасскую башню был коленчатым, как у нынешней Тайницкой башни. Закрывался он на ночь опускающейся решеткой и тяжелыми воротами, ключи от которых постоянно находились у главного, или «большого» воеводы.