В 1861 году в Александро-Невской лавре, между монастырем и Невой, отвели место под новое кладбище, в котором лавра остро нуждалась, хотя оно было уже третьим на территории монастыря. Оно располагалось за Троицким собором, где в XVIII в. предполагалось создание сада с парадным въездом в монастырь. Но долгое строительство собора и всего комплекса повлияли на первоначальные планы. Вначале здесь были подъездные пути от причалов к строящейся лавре, затем широкая дорога и палисад. В 1860-е годы за собором стали производить отдельные захоронения, а затем весь участок отвели под кладбище. В лаврских кладбищенских списках первое упоминание о захоронении "на новом кладбище что в ограде за собором" относится к сентябрю 1863 г., когда здесь похоронили вдову бывшего служителя Сергея Тимофеева. С 1868 года это кладбище именовалось Засоборным, а в 1877 получило наименование Никольского, по названию церкви святого Николая Мирликийского, построенной в 1868-1871 гг. по проекту епархиального архитектора Г.И. Карпова.
Непосредственно к ограде кладбища в 1904-1910 гг. примкнуло трехэтажное здание, облицованное декоративным кирпичом (архитектор Л.П. Шишко). Здесь размещались лаврская библиотека и древлехранилище, расформированные в первые годы после Октябрьской революции. Облик Никольского кладбища соответствовал его значению - это был один из наиболее дорогих и престижных некрополей Петербурга. Само собой разумеется, что этот некрополь содержался в идеальном состоянии, имел регулярную планировку и представлял собой скорее красивый парк, нежели место для захоронений. В северной части был устроен живописный тенистый пруд с закругленными берегами, вытянувшийся с севера на юг. Ведущая от главного входа к церкви Никольская дорожка продолжалась за мостом через пруд, образуя центральную продольную ось. Параллельно Никольской шли дорожки, пересекающие кладбище с запада на восток. Поперечные дорожки рассекали территорию от Монастырки до южной ограды. Кладбище было красиво, статус его был также чрезвычайно высок. В документах Духовного собора отмечалось, что "кладбище лаврское… открыто не для всех, как городские кладбища, а погребаются здесь только немногие особы из подвизавшихся на поприще государевой службы и лица почетного звания…" В начале XX века к Никольскому кладбищу были прирезаны участки с юга и в восточной части, однако прямоугольная сеть дорожек сохранилась и прослеживается до сих пор, несмотря на многочисленные утраты.
На надгробиях многие богатые люди часто устанавливали скульптурные бюсты, выполненные в бронзе, граните или мраморе известными мастерами того времени: Н. Лаверецким, И. Подозеровым, Р. Бахом, И. Шредером и др. Примечательны на Никольском кладбище памятники в стиле модерн, для которых характерно использование оригинальных отделочных материалов: майолики, мозаики, керамической плитки, в сочетании с полированным гранитом и мрамором различных оттенков. Для Никольского кладбища работали такие архитекторы, как А. Парланд, А. Щусев, Л. Ильин, И. Фомин.
На Никольском были похоронены не только крупные чиновники и сановники, но и известные представители петербургской интеллигенции. Среди них историк и литературовед П.Е. Щеголев, издатель "Исторического вестника" С.Н. Шубинский, журналист и издатель "Нового времени" А.С. Суворин, египтолог академик Б.Б. Тураев, основатель Пушкинского Дома академик Н.А. Котляревский, историк, юрист, социолог М.М. Ковалевский, поэтесса Мирра Лохвицкая, основоположник отечественной климатологии А.И. Воейков, певица А.Д. Вяльцева, архитектор В.А. Кенель, художник М.О. Микешин, военные деятели Г.И. Бутаков, Н.П. Епанчин, Р.И. Кондратенко, директор Публичной библиотеки М.А. Корф. Среди похороненных на Никольском кладбище - писатели и артисты, военные деятели, журналисты, ученые. Именно здесь хоронили первых русских авиаторов С.И. Уточкина и Л.М. Мациевича. Жертвам войны 1914-1918 гг. была устроена братская могила на восточной стороне пруда (не сохранилась).
Северо-западный участок некрополя, отделенный от основного массива Архиерейской дорожкой, с конца XIX века служил для погребения монахов Александро-Невской лавры и петербургских митрополитов. Он и сейчас сохраняет название Братское кладбище. Многие десятилетия остававшееся без внимания, Братское кладбище в наше время наиболее благоустроенный участок на Никольском. В 1979 г. здесь был похоронен митрополит Ленинградский и Новгородский Никодим, и прихожане Троицкого собора стали ухаживать за всеми сохранившимися могилами. В 1988 г. на Братском участке установлен новый дубовый крест на могиле митрополита Антония (Вадковского) и кресты перезахороненным в 1932 г. из Исидоровской церкви митрополитам Исидору и Палладию. Рядом стоит крест митрополиту Петроградскому Вениамину, расстрелянному по сфабрикованному обвинению в укрытии церковных ценностей при их насильственной реквизиции в 1922 г.
Богатство кладбища в какой-то степени предопределило его судьбу. После революции и в течение 1920-х годов оно нещадно грабилось искателями золота и драгоценностей, памятники разрушались, склепы стали пристанищем для беспризорных и преступников. Власти пытались вести борьбу и для этого сносили многие часовни, разламывали склепы, а "бесхозные" памятники после некоторой обработки использовали в качестве новых надгробий. В послереволюционные годы Никольское в полной мере разделило судьбу других исторических кладбищ Ленинграда. В 1927 г. было принято решение о его закрытии, рассматривался вопрос о ликвидации. С конца 1920-х гг. ведавший кладбищами трест "Похоронное дело" проводил на закрытых кладбищах ускоренную ликвидацию так называемого "бесхоза". К этой категории были отнесены все "непосещаемые" памятники, среди которых, естественно, оказалось большинство дорогостоящих надгробий аристократического Никольского кладбища. Началось планомерное, систематическое уничтожение этих памятников с целью "добычи" ценного полированного камня. Разгром Никольской церкви, закрытой в 1920-е гг., увенчался попыткой превращения ее в крематорий. В 1934 г. здесь проходили испытания печи для сжигания трупов. Эксперимент не удался, и церковь долгое время использовалась для складов и мастерских.
В отличие от Лазаревского кладбища, музейное значение которого представлялось бесспорным, Никольское с идеологической точки зрения, не представляло никакой художественной и исторической ценности, а потому в 1930-1940-х годах Никольское кладбище хотели ликвидировать. В 1930-е гг. с него начали перенос захоронений в музейные некрополи. По-видимому, до начала 1950-х гг. сохранялась идея уничтожения Никольского кладбища как такового. Только этим можно объяснить ряд перезахоронений отсюда, проведенных в 1954 г. За эти годы многие ценные исторические захоронения были перенесены на соседние лаврские некрополи-музеи. Так, на Литераторские мостки был перенесен прах И.А. Гончарова, Д.Н. Мамина-Сибиряка, А.Н. Апухтина, в Некрополь мастеров искусств - актеров Н.Ф. Сазонова, П.М. Медведева, М.И. Писарева, П.А. Стрепетовой, В.Ф. Комиссаржевской, композитора А.Г. Рубинштейна, художника Б.М. Кустодиева и некоторые другие. Печальным следствием этих перезахоронений была утрата нескольких могил, назначенных к переносу, да так и забытых.
В 1940 г., когда многое на Никольском кладбище уже было безвозвратно утрачено, музей городской скульптуры провел обследование и выявил свыше 200 надгробий, достойных быть сохраненными. Однако в настоящее время на официальном учете находится всего 39 надгробий. В 1970-е гг. в связи с разработкой плана комплексной реставрации ансамбля Александро-Невской лавры проектировщики обратили внимание и на состояние Никольского кладбища. В 1979-1980 гг. со стороны проспекта Обуховской обороны построена колумбарная стенка с воротами, закрепившая новую границу Никольского кладбища. Его западная часть была сокращена при сооружении путепровода и эстакады в головной части проспекта Обуховской обороны, когда сооружался в 1960-е гг. мост Александра Невского. В настоящее время кладбище занимает территорию в 8 га.
Новый этап в истории кладбища связан с возобновлением деятельности Никольской церкви. Чудом уцелевшая, она была отремонтирована и в мае 1985 г. вновь освящена. В конце 1970-х годов захоронения на Hикольском кладбище были возобновлены, но все они имеют исключительный, почетный характер. Так, в 2000 году на Hикольском кладбище был похоронен первый мэр Санкт-Петербурга Анатолий Собчак, а двумя годами ранее там же состоялись похороны депутата Государственной думы Галины Старовойтовой. В последние годы были похоронены ученый и писатель Л.Н. Гумилев, академик А.М. Панченко, и другие видные представители современной России. В Братской части кладбища в 1978 году погребён митрополит Ленинградский и Новгородский Никодим (Ротов), а в 1995 - митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Иоанн (Снычев). На территории кладбища существует аллея Кавалеров ордена Александра Невского.
В 1990-е годы о некрополях Александро-Невской лавры, в частности - о Никольском кладбище, говорили и писали очень много. Многочисленные рассказы непосредственных свидетелей и очевидцев указывали на то, что в подземельях и на кладбищах лавры прочно обосновалась сатанинская секта, практикующая кровавые жертвоприношения. В прессе прошел ряд публикаций о том, что в древних катакомбах, сооруженных по преданию еще в IX веке викингами, лежат груды костей, черепов, а также таинственные предметы культа. Под самым алтарем Свято-Троицкого собора был якобы устроен жертвенник, на котором в большие православные праздники служились черные мессы. Так что в последние годы лаврский некрополь привлекает не только посетителей, желающих осмотреть красивейшие надгробия XVIII-XX веков, но и тех, для которых смерть и все, что с ней связано, представляют нездоровый интерес.
