Территория НП «Алания» расположена на северном склоне Центрального Кавказа, в бассейне реки Урух, на высотах 800-4646 м (г. Уилпата - высшая точка НП «Алания») на склонах Бокового и, частично, Главного Водораздельного хребтов, разделенных продольными долинами (Центральной и Северо-Юрской депрессий).
Боковой и Главный Водораздельный хребты сложены кристаллическими породами. Для рельефа Бокового хребта, на котором расположена основная территория НП «Алания», характерна большая крутизна и наличие скалистых и осыпных склонов. Скалы, осыпи и ледники занимают большую часть всей площади НП «Алания». Общая площадь современного оледенения - более 80 кв. км (6,5% площади бассейна р. Урух). Оно наиболее развито на Цей-Караугомском и Суганском массивах - в области Бокового и Главного хребтов, где расположено более 50 ледников. Самым большим ледником (до 14 км и площадью 35 кв. кв) НП «Алания» является Караугомский. Другой крупный ледник - Сонгутиказский - находится в верховьях р. Сонгутидон, левого притока р. Айгамугидон. С вершины Суганхох спускаются Билагидонский ледник. На древневулканическом массиве горы Лабода оледенение развито также широко. Самым крупным ледником здесь является ледник Тана. Тут есть также каровые и висячие ледники. В долине р. Танадон находится так называемый «возрожденный» ледник питающийся за счет снежных лавин и обвалов расположенного выше ледника. Оледенение сосредоточено также в верховьях рек Гуларидон, Фастагдон, Бартуйдон, Иськадон и др. Наблюдения за режимом ледников показали, что современное оледенение находится в стадии деградации, большинство их в настоящее время отступает.
Для НП «Алания» характерна высотная поясность. В нем представлены сообщества высотного профиля от горных степей подножия Скалистого хребта до скально-осыпной и субнивальной растительности и ледников Бокового и Главного Кавказского хребтов.
Флора НП «Алания» насчитывает более 1000 видов высших растений, около 200 эндемиков Кавказа и ряд видов узких эндемиков, встречающихся только в Северной Осетии. Встречаются эндемичные виды с локальными ареалами, большей частью находящимися на территории НП «Алания» и соседнего с ним СОГПЗ. Это скальные колокольчики: ардонский, холодолюбивый, сонгутинский растущие на гранитных скалах - узкорегиональные эндемики Центрального Кавказа.
Дендрофлора насчитывает до 70 видов. Наиболее обычны: бук восточный, сосна Коха, березы Радде и Литвинова, ольха серая и др., а из кустарников - лещина, виды шиповников, облепиха, барбарис, можжевельники, волчник скученный и др.
В НП «Алания» отмечено более 130 видов шляпочных грибов. Видовой состав микобиоты пока не выявлен, особенно низших грибов. Наиболее обычными шляпочные грибы: белый, подосиновик, подберезовик, масленок , сыроежки и др.
Растительность НП «Алания» разнообразна. Здесь представлены горные сосняки, сосново-березовые леса, можжевеловые редколесья, небольшие фрагменты широколиственных буково-грабовых лесов, субальпийские и альпийские луга, ковры, пустоши.
Лесами в НП «Алания» покрыта почти пятая часть территории (около 10 тыс. га). Северные склоны Козатыхохского хребта покрыты сосново-березовыми и сосновыми лесами с подлеском из бересклета, шиповника, по верхней границе леса из черники. Встречается и рододенрон желтый верхняя граница которого доходит до г. Кубус.
По долинам обычны ольшаники из ольхи серой. Буковые леса представлены небольшими островками на северном склоне Водораздельного хребта. С увеличением высоты они сменяются березняками и высокогорными кленовниками. На южных склонах в долине р. Гебинон растут дубняки и лещинники с участием хмелеграба и реже кизила, а южные склоны Бокового хребта покрыты сосняками с примесью дубов восточного и скального.
Основные лесообразователи: сосна Коха, береза Литвинова и эндемичная для Кавказа береза Радде. В подлеске - рододендрон желтый, который с высотой сменяется рододендроном кавказским; небольшие площади заняты ягодниками: земляникой, брусникой, черникой, водяникой. Местами сохранились также реликтовые остатки высокогорных буковых лесов (Харесское ущелье). А ель восточная и пихта кавказская представлены лишь единичными экземплярами.
У подножия и в нижней части склонов Бокового и Водораздельного хребтов встречаются участки горных степей и сообщества нагорных ксерофитов с участием колючих астрагалов и можжевеловых стлаников. Верхняя граница леса на южных склонах образована сосновым редколесьем, а на северных - березовым криволесьем, часто с подлеском из вечнозеленого рододендрона кавказского, который в субальпийском поясе образует заросли - родореты.
Выше лесного пояса большие площади заняты красочными субальпийскими лугами. На лугах широко представлены злаки: овсяница Воронова (пестрая), ежа сборная, вейник тростниковидный, тимофеевка и др.; красочное разнотравье с эндемичными видами: желтушник золотистый, живокость красивая и др.
Выше - альпийский пояс, где отдельными пятнами среди каменных осыпей и россыпей развиваются низкотравные луга и ковры.
Многие растения имеют большую хозяйственную и эстетическую ценность. Есть пищевые, лекарственные, медоносные и высокодекоративные. Среди них - лилия однобратственная, живокость прицветничковая, подснежник узколистный, шафран долинный, водосбор олимпийский, скабиоза кавказская, буквица крупноцветковая и др.
Фауна позвоночных НП «Алания» типична для северных склонов Центрального Кавказа. Ее составляют виды относящиеся к различным типам фаун: широкораспространенные (ручьевая форель, уж, беркут, малая мышь, заяц-русак, волк), Средиземномноморские, Монгольские, Тибетские (кеклик, краснобрюхая горихвостка, большая чечевица, шакал, серна) и автохтонных эндемиков (кавказская ящерица, кавказский улар, гудаурская полевка, дагестанский тур).
В фауне НП «Алания» 34 вида млекопитающих, из них 3 редких, занесенных в Красные книги России и РСО-Алания. Есть 1 эндемичный род (прометеева полевка), 10 эндемичных видов. Для широколиственных лесов характерны: малая мышь, лесная куница, дикая лесная кошка, кабан, косуля. В высокогорной части НП «Алания» обитают прометеева, дагестанская и гудаурская и полевки, горностай, каменная куница, дагестанский тур, серна. Медведь, рысь, волк, лиса встречаются во всех высотных поясах - от горных степей, лесов среднегорий, до высокогорных лугов, ледников, скал и каменных россыпей.
В НП «Алания» обитает 116 видов птиц, из которых Эндемичных видов - 3, подвидов - 50. Из обитающих в НП «Алания» видов гнездящихся птиц 42, оседлых 39, пролетных 27, 5 видов поднимаются с равнин на зимовку и 2 вида залетные. 15 видов занесены в Красную книгу России (в том числе кавказский тетерев, бородач, беркут, стервятник, сапсан). 45 видов птиц занесен в Красную книгу РСО-Алания. Из обитателей высокогорий отметим - кавказского улара, большую чечевицу, краснобрюхую горихвостку, альпийская завирушку. Обычны: горный конек, оляпка, представленные кавказскими подвидами, корольковый вьюрок. В межгорных котловинах на северной границе НП «Алания» встречаются кеклик, обыкновенная каменка, горихвостка чернушка и пестрый каменный дрозд.
Из 6 видов пресмыкающиеся более обычны: степная гадюка, медянка, кавказская ящерица (Даревския кавказская).
В фауне земноводных 4 вида, наиболее широко распространена малоазиатская лягушка, поднимающаяся в горы до 2500 м.
Единственная рыба рек НП «Алания» - ручьевая форель.
Богат и разнообразен мир беспозвоночных, особенно насекомых. Наиболее яркие представители - занесенные в Красную книгу России и РСО-А бабочки: махаон, аполлон. Встречаются редкие жуки: жужелицы кавказская и венгерская, красотел пахучий и другие. В фауне НП «Алания» около 300 видов чешуекрылых.
