Государственной религией Крымского ханства был суннитский Ислам ханафитского мазхаба. Полномочия предстоятеля крымской мусульманской общины принадлежали муфтию. Он являлся чрезвычайно значимой фигурой не только в духовной, но и в политической жизни страны, поскольку давал заключения о соответствии тех или иных законодательных актов учению и правовым нормам Ислама. Муфтий Крыма был независим от ханской власти, подчиняясь не хану, а непосредственно высшему религиозному чину – халифу (этот титул с 1517 г. принадлежал турецким султанам). Заключения муфтия были обязательны для исполнения. Известны случаи, когда при возникновении споров за престол между членами ханского рода муфтий принимал окончательное решение о том, кому следует взойти на трон — и спорящие претенденты подчинялись его слову.
Бахчисарай был центром религиозной жизни страны. Здесь располагалось несколько медресе – религиозных учебных заведений (в том числе старейшее знаменитое Зынджирлы-медресе), ряд азисов (святых мест) и по меньшей мере три десятка мечетей. Деятельность духовных наставников не ограничивалась богослужениями – они отвечали также и за образование молодежи. В школах-мектебах по Бахчисараю шло обучение детей грамоте.
Весьма примечательной особенностью религиозной жизни в ханской столице являлось наличие здесь нескольких общин дервишей (софу) – членов мистических братств, пытавшихся постичь тайны бытия через особые ритуалы — коллективные моления и танцы. Дервиши имели в городе несколько текие – своего рода монастырей. Приверженцы суфизма имелись и среди крымских ханов. В частности, ими являлись Мехмед IV Герай (1641-44; 1654-66) и Хаджи Селим I Герай (1671-78; 1684-91; 1692-99; 1702-04).
Характерной чертой, присущей ханской администрации, была ее толерантность по отношению к последователям других вероучений — весьма редкое явление в мировой истории тех времен. В состав крымского населения входили, помимо мусульман, группы христиан греческого, армянского и римского закона, караимов и иудеев. Факты религиозных преследований со стороны государства в Крымском ханстве неизвестны. Напротив, некоторые из крымских ханов даже оказывали финансовую помощь греческому монастырю, расположенному в округе крепости Кырк-Ер. Все немусульманские общины Крыма имели собственное судопроизводство. Шариатскому суду подлежали лишь наиболее тяжкие преступления.
Малая Ханская мечеть отличается многими интересными архитектурными особенностями, в частности — парусным куполом, сложенным из особо легкого кирпича плинфы. Главный объект в мечети – михраб, ниша в южной стене здания. Михраб ориентирован на священный город Ислама — Мекку; к нему во время службы обращены взоры молящихся. Вырезанный в камне орнамент верхней части михраба отображает представление средневековых исламских богословов о Вселенной — семь резных орнаментированных поясов соответствуют семи уровням небес.
Над михрабной нишей — витраж, украшенный оригинальным знаком, который состоит из двух наложенных один на другой треугольников. Этот знак используется во многих культурах мира, в каждой трактуясь по-разному. В традициях мусульманских народов он называется "Печать Сулеймана". Крымские татары использовали этот символ с древних времен, украшая им надгробия, окна культовых зданий, монеты и ювелирные изделия.
