В 1870 году в Хабаровске на берегу реки Барри, позже переименованной в Чардымовку, была воздвигнута деревянная церковь, названная Иннокентьевской в честь святителя Иннокентия, первого епископа Иркутского–небесного покровителя Сибири и Дальнего Востока. Деревянная церковь простояла более четверти века, Но со временем обветшала, пришла в негодность и уже не могла отвечать потребностям населения растущего города.
В 1896 году епархиальное управление и местные городские власти приняли решение о возведении каменного храма. Церковь строилась на средства хабаровских купцов Василия Федоровича Плюснина и Петра Тимофеевича Слугина, а также на пожертвования прихожан.
С 1896 года в городе работал строительный комитет по сооружению каменной Иннокентьевской церкви под руководством городского головы Александра Александровича Рассушина. В комитет входили: инженер-полковник Владимир Григорьевич Мооро, купец 1-й гильдии Василий Федорович Плюснин, купец 2-й гильдии Сергей Яковлевич Богданов, Александр Михайлович Чернов, член городской управы Михаил Александрович Тыртов, протоирей Градо-Хабаровског Успенского собора отец Александр Протодиаконов и весь соборный причт.
Проект поручили разработать военным инженерам строительного отделения при Приамурском генерал-губернаторе: полковнику В.Г. Мооро и капитану Н.Г.Быкову. Возводить храм также должны были военные. В июле 1896 года для Иннокентьевской церкви из города Имана на пароходе «Хомка» прибыл в Хабаровск колокол, пожертвованный хабаровским купцом Максимом Киселевым. Колокол весил 98 пудов 25 фунтов и был отлит на заводе в Москве. В августе 1896 г. Строительный комитет сообщал в местной прессе: «В настоящее время комитет располагает для стройки 13 тысячами рублей наличных церковных денег и имеет на 10 тысяч строительных материалов: кирпича, извести, бутового и цокольного камня и др.»
Место для храма было выбрано не самое высокое в городском ландшафте. Тем не менее, церковь, ее купола и золоченые кресты были далеко видны при приближении к Хабаровску по Амуру. Среди других строений нового города храм выделился не только своими размерами, но и живописным силуэтом, в котором просматривались черты русских церквей XVII века.
Строительство каменной церкви было осуществлено за один год, 8 ноября 1898 года состоялось освещение. Город приобрел новый Дом Божий, новый центр духовной жизни.
Бессменным церковным старостой в течение шестнадцати лет, с 1864 по 1880 гг., был Андрей Федорович Плюснин.
В комплекс зданий Иннокентьевской церкви входили дом причта и здание лечебницы Александро-Ксеньевской общины, построенной после 1893 года. До конца 1930-х гг. при церкви находилось кладбище, где покоился прах первых поселенцев, первостроителей поста Хабаровка, погребенных в 1859-1874 гг. При храме существовала церковно-приходская школа (с 1899 по 1917 гг.). Ее учредителями были хабаровский купец Иннокентий Павлович Пьянков и его супруга Екатерина Алексеевна. Чета Пьянковых вложила много сил и средств, для достижения высокого уровня преподавания и воспитания в этой школе.
Даже в период революции 1917 года и Гражданской войны в храме шла служба, хотя происходило это не регулярно. Храм продолжал действовать еще и в 1920-е годы, правда, прихожан стало заметно меньше. Церковным служителям, протоирею В.Козловскому и дьякону И.Михайлову, все труднее приходилось осуществлять свою деятельность. В 1931 году после захвата Иннокентиевского храма раскольниками-обновленцами и ликвидацией церковного прихода, церковь была закрыта. В постановлении Далькрайисполкома от 30 июля 1931 г. Указано: «Учитывая желание общины верующих получить кладбищенскую церковь взамен Иннокентьевской, последнюю ликвидировать, здание церкви предать в ведение Хабаровского горсовета».
На основании постановления Совнаркома в 1933 г. Здание церкви было зачислено в Государственный фонд и подлежало реализации. В декабре 1934 г. Его продали Управлению комендатуры Пограничного военного округа за 15 681 рубль 50 копеек. В здании разместилась радио-телеграфно-телефонная и оружейная мастерская пограничных войск, оно стало утрачивать свой первоначальный облик. Особенно оно пострадало в 1964 г., когда перестраивалось под планетарий – была сломана колокольня, разобрано пятиглавие, снесены порталы, в стенах пробиты окна и входные двери, сделаны внутренние перегородки, надстроен второй этаж. Но основы храма все же сохранились.
Исследования современных архитекторов подтверждают, что Иннокентьевская церковь представляет собой памятник русской архитектуры XIX века.
С конца 1980 гг. вместе с процессом демократизации общества начался период возрождения православных храмов России. В 1991 г. решением Хабаровского крайисполкома здание было поставлено на государственный учет как памятник архитектуры, представляющий ценность для истории России. В том же году была зарегистрирована местная православная организация прихода церкви святителя Иннокентия Иркутского. Ее первыми настоятелями были протоиерей Виктор Коротков и игумен Ферапонт (Орлов). Начался процесс восстановления церкви. Сотни людей вложили свой труд, свои средства, свое творчество и душу в возрождении православного храма. Остатки прежней настенной росписи были тщательно убраны. Стараниями местных художников-иконописцев, храм приобрел новый облик. По благословению епископа Хабаровского и Приамурского Марка, хабаровский художник Владимир Евтушенко взял на себя руководство работами по восстановлению внутреннего убранства церкви.
В апреле 1999 г. в канун Пасхи Иннокентьевская церковь предстала перед хабаровчанами обновленной. Начиная с 1993 г., в Иннокентьевском приходе при церкви ведутся занятия в воскресной школе.
20 мая 2000 года во время своего визита на Хабаровскую землю, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II посетил Свято-Иннокеньтевский храм, ознакомился с его историей, священством и прихожанами. Он преподнес в дар приходу икону Иисуса Христа. Его святейшеству от имени всех прихожан и клира была подарена уникальная каменная шкатулка, выполненная местными мастерами из дальневосточный полудрагоценных камней.
