Организован в 1963 г., до 1976 г. был в ведении Хабаровского комплексного научно-исследовательского института ДВНЦ РАН. Расположен в юго-восточной части Амурской обл. в полосе контакта амурских равнин и предгорий Малого Хингана. Площадь 82 186 га.
Абсолютные средние высоты отрогов Малого Хингана не превышают 150-200 м, максимальные достигают 300-400 м. Основные горные породы — песчаники, сланцы, алевролиты, гранитоиды и порфириты, местами имеются выходы известняков. Среднеамурская равнина сложена неогеновыми и четвертичными иловато-суглинистыми озерно-аллювиальными отложениями. Основные типы почв — горно-лесные бурые и луговые черноземовидные.
Наиболее крупные реки — Грязная, берущая начало в северной части заповедника, а также Мутная и Урил — левые притоки Амура. В горной местности долины рек узкие, русло каменистое, течение быстрое. В низовьях русла сильно меандрпруют, берега и дно илистые, течение спокойное. Встречаются многочисленные озера и зарастающие водной растительностью старицы. В южной части заповедника р. Мутная соединяется с Амуром сетью озер глубиной 2-3 м.
Растительность. Лесопокрытая площадь составляет 47 %. Для предгорной части характерны дубовые и смешанные широколиственные леса, местами встречаются белоберезники и осинники. Хвойно-широколиственные (в основном кедрово-широколиственные) леса сохранились только в верховьях горных рек на затененных горных склонах. В настоящее время под пологом производных дубовых лесов хорошо восстанавливается кедр корейский и со временем возможно формирование ценных кедрово-дубовых древостоев. Основные породы деревьев — дуб монгольский, липа амурская, березы плосколистная, желтая и даурская, клен мелколистный, ясень маньчжурский, ильм долинный, кедр корейский, ель аянская и пихта белокорая. Из кустарников широко распространены лещины маньчжурская и разнолистная, леспедеца двухцветная, жимолости, элеутерококк, шиповники, спиреи, из лиан — лимонник китайский, виноград амурский, актинидия коломикта, луно-семянник даурский, из трав — щитовники, кочедыжники, осоки, василистники, какалии и др.
Площадь лугов 38 443 га. Видовое их разнообразие и продуктивность определяются условиями увлажнения и дренированностью местообитания. На переувлажненных участках обычны закочкаренные и вейниково-осоковые луга, на более или менее дренированных террасах — вейниковые и разнотравные. Значительная часть луговых биоценозов первична, что определяет их научную и хозяйственную ценность. Всего во флоре высших сосудистых растений известно около 500 видов.
Фауна представлена как приамурскими, так и типично таежными видами. Отмечено 44 вида млекопитающих, 103 — птиц и 23 вида рыб. Основными видами являются косуля, кабан, изюбр, рябчик, большая горлица, перевозчик, дятлы. К редким видам относятся гималайский медведь, индийская кукушка. В «Красную книгу России» внесены сапсан, балобан, скопа, утка-мандаринка, орлан-белохвост, японский и даурский журавли, дальневосточный белый аист.
Направление научных исследований заповедника — комплексное изучение и охрана лесных и первичных луговых биоценозов Среднего Приамурья.
