В 1971 году Рамсарская конференция включила озеро Болонь в перечень водно-болотных угодий международного значения, главным образом в качестве мест обитания водоплавающих и околоводных птиц. Туда же вошли и прилегающие к нему территории в междуречье рек Харпи, Сельгон, Симми, мелководные озера Альбите и Килтасин. В 76-м на этом месте был создан сезонный заказник местного значения "Сельгон" площадью 48 тысяч гектаров. Затем, через 8 лет, на площади уже 186 тысяч гектаров для улучшения охраны перелетных птиц и птиц, находящихся под угрозой исчезновения, создали государственный комплексный охотничий заказник краевого значения "Симминский", куда вошла и территория "Сельгона". Ну а днем рождения заповедника "Болоньский" следует считать дату выхода постановления Правительства РФ "Об учреждении в Хабаровском крае заповедника "Болоньский" Государственного Комитета РФ по охране окружающей природной среды" - 18 ноября 1997 года.
Научная работа в заповеднике начата в 2000 году орнитологом ГПЗ "Хинганский" А.И. Антоновым. Инвентаризационные работы орнитофауны продолжил сотрудник Института водных и экологических проблем ДВО РАН А.Г. Росляков. Ведутся также ботанические, энтомологические исследования. В рамках Соглашения между Правительством края и префектурой Хёго (Япония) проведены три совместных научно-исследовательских экспедиции, в ходе которых проводился авиаучет орнитофауны, изучение спектра питания дальневосточного белого аиста, исследование кормовой базы и самих птиц по микробиологическим и паразитологическим показателям. Начаты работы по созданию микробиологической лаборатории.
В рамках программы Всемирного фонда дикой природы "Развитие экологического туризма на Дальнем Востоке" на территории заповедника начаты работы по приему туристов. Уже закончено строительство двух новых кордонов, расширен существующий, построено две бани и начато строительство орнитологического центра в районе озера Альбите. Таким образом, развитие туризма является весьма перспективным направлением экономического развития города и района.
Окружающие озеро равнины летом являются кормовыми угодьями для лося, косули и бурого медведя, мигрирующих сюда весной с хребта Джаки-Унахта-Якбыяна. Здесь встречаются также гималайский медведь, белка, кабан, енотовидная собака, барсук, выдра, изюбрь, обычны американская норка и ондатра. Озеро Болонь, дельтовые водоемы и впадающие в него реки являются важнейшими летними станциями многих рыб амурского ихтиокомплекса.
Исключительно богат, как по числу встречающихся видов, так и по количеству особей каждого вида, орнитологический комплекс. Весной и осенью в заповеднике находят отдых и корм многочисленные стаи лебедей, гусей, уток, куликов и журавлей, дневных хищников и мелких воробьиных птиц. В основном преобладают птицы, экологически связанные с водно-болотными местами обитания. Здесь встречаются практически все виды пролетных птиц, характерных для Приамурья и юга Дальнего Востока.
Список птиц заповедника составляет около 250 видов, из которых около 160 видов гнездятся.Здесь обитают 24 редких видов, занесенных в Красные Книги разных рангов, а с учетом пролетных птиц общее число редких видов – более 35. Среди них – иглоногая сова, дальневосточный белый аист, японский и черный журавли, черный аист, белый гусь, пискулька, мандаринка, малый лебедь, чешуйчатый крохаль, скопа, сапсан, беркут, орлан-белохвост, большой подорлик, хохлатый осоед и др. Подобное скопление редких видов – самое большое в регионе. Самый мощный поток перелетных водоплавающих и околоводных птиц, в том числе и краснокнижных видов, проходит через озеро Альбите и Килтасин. Здесь во время весенней миграции скапливается на отдых до 150 тысяч, а осенью до 250 тысяч особей водоплавающих, не считая огромной численности куликов, чаек и цапель, бакланов и многих других видов птиц. По учетным данным ученых орнитологов Хабаровского края на озере Альбите весной 1995 года на отдыхе и кормежке находилось более 10 тысяч лебедей-кликунов, десятки тысяч гусей и более 100 тысяч разных видов уток. Озеро постоянно посещают дальневосточные белые аисты, японские и черные журавли, останавливается гусь-сухонос, черно-пегий лунь и другие птицы.
