Первый каменный храм Авраамиевого монастыря был выстроен лишь в 1553 году, по повелению Ивана Грозного, «на победу и одоление Казанского царства». Иными словами, он входит в группу тех каменных мемориальных сооружений, которые создавались в эти годы в честь «Казанского взятия».
Авраамиев монастырь в Северо-Восточной Руси— один из древнейших. Он основан в XII веке, если даже не в XI столетии. До повеления Грозного все его постройки были деревянные, а потому, естественно, до нашего времени не дошли. Выстроенный каменный собор представляет собой, по существу, группу зданий, поставленных на подклет. Здесь и собственно пятиглавый собор с четырьмя внутренними столбами, и колокольня, и шатровый придел, и еще два небольших кубовидных бесстолпных придела. Все они образуют весьма живописную группу, тем более что в XVII веке центральный храм получил большие, ярославского типа главы с ромбоооразными «лещадками» из кованого железа (они переложены в XIX веке).
Внутри собор сохранил барочную отделку середины XVIII века, по которой можно судить о развитости деревянной резьбы ростовских мастеров. В подклете сохранилось погребение схимника Сысоя — отца митрополита Ионы, бывшего до получений своего высокого сана архимандритом Авраамиева монастыря.
Рядом с собором стоит Введенская церковь, некогда соединенная переходом на арках с собором. Она относится к 1650 году и построена архимандритом Ионой.
В Никольской надвратной церкви, увенчанной ныне классической колокольней 1826–1837 годов, построенной ярославским архитектором П.Я. Паньковым, вновь угадывается характерная для Ростова композиция — храм с двумя башнями по сторонам проезда. Все это было выполнено в 1691 году, накануне смерти Ионы, возможно, под конец жизни пожелавшего украсить древний монастырь, где был погребен его отец, так, как это было сделано в его пышной митрополии.
В северо-западной части монастыря стоит корпус братских келий, настоятельских покоев (1837) и трапезная (1892), также перестроенные П. Я. Паньковым. Ограда Авраамиевого монастыря в ее отдельных частях относится к XVIII веку.