Ботанический сад в Лейдене (Hortus Botanicus Leiden) расположен в юго-восточной части исторического центра города между Академией и Лейденской обсерваторией. Он является старейшим ботаническим садом Нидерландов, и одним из старейших в мире. В 1587 руководство Лейденского университета обратилось к бургомистру Лейдена с прошением разрешить открытие Академического сада за зданием Академии в качестве наглядного пособия для студентов, изучающих ботанику и медицину. В 1590 году такое разрешение было получено.
Куратором проекта по закладке и развитию Академического сада был назначен известный ботаник Карл Клузиус, прибывший в Лейден в 1593 году. Благодаря своему авторитету среди ученых и наличию множества международных контактов, Клузиусу удалось собрать весьма богатую коллекцию растений. Кроме того, Клузиусу сумел договориться с Голландской Ост-Индской компанией о содействии в сборе растений и гербариев. В результате созданный сад оказался достаточно скромным по площади (около 35х40 метров), но внушительным по содержанию сад насчитывал более 1000 различных растений.
В 1736 под руководством голландского профессора ботаники Лейденского университета Адриана Ван Ройена и знаменитого шведского ученого Карла Линнея была произведена глобальная реконструкция по расширению территории Ботанического сада. А чуть позже, с 1740 по 1744 годы, в саду была построена первая оранжерея для тепличных растений. В 1817 году усилиями тогдашнего директора Себальда Юстинуса Бругманса и немецкого ботаника Теодора Фридриха Людвига фон Эсенбека состоялось очередное расширение территории Ботанического сада. Правда, уже 1857 году часть земельных площадей была использована для строительства обсерватории Лейдена.
В настоящее время недавно отремонтированная оранжерея с тропическими и субтропическими растениями, а также новый Зимний сад привлекают множество посетителей. Также стоить отметить Японский сад, благоустроенный в честь фон Зибольд и открытый в 1990 году. Сам же Ботанический сад, по сути, представляет собой оазис, располагающийся внутри старого города. А в 2009 году произведена реконструкция участка сада, с целью воссоздания первоначального академического сада времен Карла Клузиуса на основании каталогов растений начиная с конца XVI века.
Самыми старыми растениями Ботанического сада являются бобовник анагиролистный или, как еще его называют, золотой дождь (Laburnum anagyroides), посаженный в 1601 году и Лириодендрон тюльпанный (Liriodendron tulipifera) 1682 года посадки. С научной точки зрения Ботанический сад Лейдена ценится своими коллекциями азиатских растений семейства Ароидных (Аронниковых), хойи, дисхидий, непентесов, азиатских орхидей и папоротников.
