В 1550 г. кардинал Ипполито д'Эсте решил построить виллу на том месте, где находился монастырь бенедиктинцев. По проекту неаполитанского архитектора Пирро Лигорио был создан дворец в ярко выраженном маньеристском стиле. Наибольший интерес представляет роскошный парк с фонтанами (их около 500) и статуями.
Слева от входа возвышается церковь Сайта Мария Маджоре — бывшая церковь монастыря бенедиктинцев — с красивым готическим фасадом. Внутри, в хоре, находятся два триптиха XV в. и «Мадонна с Младенцем» работы Якопо Торрити, художника и мозаичных дел мастера XIII в. Фонтаны виллы д'Эсте отличаются поразительным разнообразием, считается, что фонтан «Биккьероне» в форме раковины выполнен по проекту Бернини. Кардинал захотел воспроизвести здесь некоторые прославленные памятники античности, поэтому фонтан «Рометта» напоминает по форме остров Тиберина (лодку) с обелиском в центре. Фонтан «Чиветта» («Совиный») издает звуки, похожие на щебетанье птиц. Виале делле Ченто-Фонтане (аллея Ста Фонтанов) производит поразительное впечатление: струи воды вырываются из обелисков, лодок, голов животных, орлов и т.д. Фонтан «Драги» (Драконий) — создан в 1572 г. в честь папы Григория XIII, как напоминание о гербе семейства Бонком-паньи, из которого происходил папа. Фонтан «Овато» (Овальный) увенчивает статуя Сивиллы, а по сторонам находятся аллегорические фигуры рек. Необычен фонтан «Органе» (Органный): он воспроизводит мелодии, благодаря тому что в него вмонтирован специально созданный в XVI в. орган, который играет под напором воды.