Новая церковь стоит на площади, названной в честь церкви piazza Chiesa Nuova, примерно в 300 м западнее Кафедрального собора Ассизи.
Церковь стоит на месте, где по преданию находился дом родителей святого Франциска. Первое упоминание о церкви, возведённой на месте этого дома, датировано 1398 годом. В 1610 году король Испании Филипп III распорядился возвести новую церковь. Строительство было завершено уже к 1615 году. По проекту Руфино да Черкьяра средневековая церковь была перестроена в стиле эпохи Возрождения с некоторыми элементами стиля барокко. Источником вдохновения для архитектора послужила церковь святого Элигия ювелиров в Риме, построенная по проекту Рафаэля.
В плане церкви лежит греческий крест, над центром которого поднимается небольшой купол. Лизены внутри церкви расписаны под мрамор. В четырёх парусах находятся изображения евангелистов. Трансепты украшены монохромными «Эпизодами из жития святого Франциска» (17 век). Образ главного алтаря написан в 18 веке. Из церкви можно попасть в дом святого Франциска.
Сбоку от церкви расположено здание монастыря. До сих пор в комплексе сохранились некоторые помещения, оставшиеся от дома родителей святого Франциска: комната Франциска; каморка под лестницей, куда отец посадил Франциска в наказание за то, что тот отдал без разрешения имущество на восстановление церкви святого Дамиана; склад лавки Пьетро Бернардоне, отца Франциска. Они являются частью Францисканского музея. Также при монастыре находится библиотека.
На площади, перед церковью, установлена скульптурная группа, изображающая родителей святого Франциска (1984, Роберто Йопполо).