Музей священного искусства занимает несколько помещений в здании капеллы ордена святого Бернардина, которые были специально для этого отреставрированы в конце 20 века. В музее собраны произведения мастеров сиенской школы 13-17 веков. Здесь представлены доски 13 и 14 веков работы Мастера из Трессы, Сеньи ди Бонавентура, Бартоломео Булгарини, Луки ди Томме, Андреа Ванни и Таддео ди Бартоло; некоторые фрески Пьетро и Амброджо Лоренцетти, происходящие из базилики святого Франциска, среди которых особенно выделяется «Мадонна Млекопитальница»; алтарный образ «Оплакивание Христа», дополненный скульптурной группой на тот же сюжет из раскрашенного дерева работы Веккьетты (15 век).
Среди произведений 16-17 веков стоит отметить «Несение креста» Беккафуми, небольшие доски Содомы и дель Рикко, работы Вентуры Салимбени и Бернардино Меи, скульптуры Доменико ди Николо дей Корри и Антонио Федериги, а также богатую коллекцию ювелирных изделий.