Кафедральный собор Ассизи посвящён святому Руфину, который, по преданию, был первым епископом Ассизи в начале 3 века. Собор стоит в центре города, на площади Piazza San Rufino. Существуют предположения, что в римскую эпоху на этом месте был храм, но они пока не подтверждены.
Пётр Дамиани (11 век) упоминает, что уже с 412 года мощи святого Руфина находились в церкви, стоявшей на месте, где сейчас находится собор. Другие источники считают, что первую церковь следует датировать лишь 8 веком, а не 5 веком. Некоторые источники утверждают, что в 11 веке, при епископе Угоне, она была перестроена т.к. в 1036 году церковь святого Руфина получила статус Кафедрального собора. До этого времени собором Ассизи была Большая церковь Богоматери. Так или иначе, все источники сходятся на том, что нынешнее сооружение восходит к третьей реконструкции, начатой под руководством зодчего Джованни да Губбио в 1140 году. Надпись о начале этих работ с датой и именем архитектора вмурована в нижнюю часть стены правого нефа. В 1228 году главный алтарь собора был освящён папой Григорием IX, а в 1253 году весь храм был освящён папой Иннокентием IV.
Фасад собора выполнен в романском стиле Умбрии и богато оформлен резными деталями. По архитектурному стилю собор святого Руфина схож с собором и церковью святого Петра в Сполето. По вертикали фасад разделён лизенами на три части, которые соответствуют трём нефам собора. По горизонтали фасад делится карнизами с характерными романскими арками на три яруса. В нижнем ярусе фасада, разбитом на квадратные сектора, открываются три портала, арки которых поддерживают резные львы (фото) (центральный портал) и грифоны (боковые порталы). Главный портал (фото) украшен растительными мотивами и сценами из жизни святых. В центре люнета (фото) – Христос на троне, слева – Богоматерь Млекопитательница на троне, справа – святой Руфин. В правом люнете изображены две птицы, пьющие из одного источника; символ христианских душ, упивающихся благодатью Божьей (фото). В левом люнете вырезаны два льва около вазы (фото). Элегантная колоннада отделяет нижний ярус от среднего. В среднем ярусе расположены три резных окна-розетки. По углам вокруг центральной розетки помещены символы евангелистов. Центральную розетку как бы поддерживают «атланты» или консоли - три небольшие человеческие фигурки, стоящие на спинах животных (фото). Верхний ярус выполнен в форме треугольного тимпана, в центре которого – стрельчатая арка. Видимо, под ней должен был быть помещён фриз, который так никогда и не был изготовлен.
Рядом с собором находится квадратная в плане колокольная башня. Она возведена на остатках от цистерны римского периода и осталась от церкви, построенной при епископе Угоне (при второй перестройке церкви). Затем, во время строительства собора, колокольня была надстроена. Она, как и нижний ярус собора, разделена на своеобразные квадраты. Четыре нижних яруса колокольной башни украшены ложными арками. В верхнем ярусе башни, где расположена звонница, открываются сдвоенные бифоры. Рядом с основанием колокольни находится старинное здание, считающееся домом, где родилась святая Клара.
В плане собор представляет собой трёхнефную базилику. Внутреннее убранство собора восходит к переделкам в стиле позднего Возрождения, которые были осуществлены в 1571 году. При работах 16 века, проведённых под руководством Галеаццо Алесси, своды были переделаны в стиле эпохи Возрождения, но оригинальные бочкообразные своды целиком сохранились за ними. Тогда же, в 16 веке, над алтарной частью был возведён восьмиугольный купол. Внутри собора находится 10 алтарей. Между ними стоят статуи пророков работы Агостино Сильвы (1672). У входа в собор можно видеть статуи святого Франциска (1882, Джованни Дюпре) и святой Клары (1888, Амалия Дюпре).
В соборе сохранилась старинная купель, в которой крестили святого Франциска, святую Клару и, возможно, императора Фридриха II. Купель находится в начале правого нефа. Декоративная отделка купели была выполнена в конце 19 века. Над последним правым алтарём можно видеть изображения Христа и святых, написанные Доно Дони (1555). Этим же художником написаны «Снятие с креста» (1563, правый трансепт) и «Распятие» (1563, левый трансепт), находящиеся в двух боковых алтарях по сторонам от главного алтаря. В соборе можно также видеть надгробие святого Виталия (1370). В апсидальной части можно полюбоваться хорами, украшенными резьбой, выполненной Пьерджакомо да Сансеверино (1520). В центре стоит большой орган 19 века.
Ризница собора, в основном, расписана в 17 веке. В левой части ризницы расположена небольшая дверь, ведущая в подземную капеллу святого Франциска.
В левом нефе собора расположен вход в музей, где сейчас хранятся некоторые фрески, ранее украшавшие стены собора: «Бичевание», «Распятие» и «Снятие с креста» датируются 1330-40 годами и приписываются кисти Пуччо Капанны; фреска «Святой Антоний Падуанский» и триптих «Богоматерь с младенцем и святыми» датируются 1460-70 годами и принадлежат кисти Николо ди Либераторе. В музее также выставлены реликварии; капители колонн церкви, которая предшествовала собору и другие экспонаты.
Из алтарной части можно попасть в капеллу Оплакивания, названную так, потому что в ней находится деревянная копия (конец 19 века) терракотовой скульптуры «Оплакивания» (15 век). Оригинальная терракотовая статуя, по легенде, слезоточила и считалась чудотворной.
Следует обратить внимание на капеллу Причастия (Sacramento), построенную в 1663 году по проекту Джакомо Джорджетти. Капелла расписана фресками и украшена картинами в не очень характерном для Ассизи стиле – стиле барокко. Кисти Джованни Андреа Карлоне (17 век) в этой капелле принадлежат: «Жертва Илии», «Агарь в пустыне», «Молитва Давида», «Илия и ангел», «Рождество», «Жертва Исаака» и др. Фрески апсиды и свода сделаны Джакомо Джорджетти (1663) и Джованни Антонио Греколини (18 век). Рядом расположен орган 17 века, полихромная статуя алтаря Богоматери скорбящей (1672) и алтарь святого Франциска с аллегорическими фигурами добродетелей работы Агостино Сильвы и картиной «Христос во славе и святые» кисти Доно Дони (1550).
Внизу расположена трёхнефная крипта. Крипта соответствует алтарной части церкви, которая предшествовала собору святого Руфина. Мощи святого Руфина хранятся в саркофаге римского периода (3 век). В крипте также находится средневековый колодец глубиной 28 м. Рядом с колодцем были найдены остатки внутреннего двора, восходящие к каролингской эпохе (10 век). На своде апсиды можно различить фрагменты фресок с символами евангелистов (11-12 века).