Церковь святого Зенона находится в 600 метрах на юго-восток от аббатства святого Зенона и в 50 метрах на запад от Кастельвеккьо. Это одно из древнейших строений в городе, посвященных святому Зенону. Согласно легенде в этой церкви святой Зенон уединялся для молитвы, поэтому до 14 века ее называли храмом молящегося Зенона. Кроме того, в церкви находится камень, на котором, как верят, святой сидел, когда ловил рыбу.
Нынешнее здание было построено в 12 веке на месте руин более древней церкви, разрушенной во время землетрясения 1117 года. С течением веков церковь украшалась различными произведениями искусства. В 1807 году ее закрыли по декрету французского правительства, что повлекло за собой ее разграбление и разорение. Через несколько лет церковь Зенона вновь стала принимать прихожан, а в связи с нехваткой средств на реставрацию сюда были перемещены ценные предметы из окрестных разрушенных храмов, что исказило первоначальный облик церкви. В пресвитерии установили ограду с мраморным готическим портиком и двумя мраморными статуями святого Зенона и святого Петра 18 века. Даже фасад церкви был дополнен аркой над порталом и розой 12 века неизвестного происхождения.