Церковь святого Иоанна Крестителя была построена в 1233 году и представляет собой один и важнейших памятников средневековой архитектуры южной Италии, где общеевропейские романские мотивы переплетаются с восточными заимствованиями. Церковь находится в Сассо Баризано, неподалеку от Кафедрального собора (около 200 м к северо-западу).
Это первая наземная церковь, которая была возведена за пределами городской черты; она принадлежала братству Христа Бичеванного. В 1480 году, когда турецкие войска отвоевали портовый город Отранто, и в сражении против иноземцев погибло много жителей Матеры, братство покинуло церковь, посчитав это место недостаточно безопасным. Лишь в 1695 году церковь вновь открыли, заново ее освятив. В 1793 году обрушился купол церкви, после чего здание подвергли серьезной реконструкции. Как интерьер, так и внешний вид церкви были существенно изменены, пришлось даже демонтировать северный портал, который сейчас установлен в прилегающем монастыре.
Интерьер церкви создает мистическую атмосферу средневекового храма. План церкви имеет форму греческого креста, а основной зал разделен на три нефа. Квадратные колонны украшены красивыми резными капителями, из которых ни одна не повторяет другую. На них можно рассмотреть разнообразные фигуры животных и людей, растительные мотивы. Возможность наблюдать суровое и загадочное средневековое убранство церкви появилась, когда в 1926 один из аббатов монастыря решил удалить барочные украшения, которыми были покрыты ее внутренние стены. Над первым алтарем левого нефа, который украшен скульптурами, расположена фреска Богоматери (16 век). Далее идет капелла, посвященная святым медикам Козьме и Дамиану; здесь хранятся деревянные статуи этих святых с роскошными цветными драпировками, которые выносят для участия в торжественной процессии в последнее воскресенье сентября. Здесь же расположена картина, изображающая этих и других святых, окружающих Богоматерь (18 век). В глубине нефа можно увидеть «Пьету» из папье-маше, выполненную матерским мастером в конце 19 века. В правом нефе находится купель, украшенная скульптурой современного автора, а рядом в нише – каменная статуя святого Иоанна Крестителя, выполненная мастером матерской школы 16 века, которая раньше украшала большой алтарь церкви. На основании одной из колонн можно увидеть латинскую надпись, гласящую «29 декабря граф был убит», которая напоминает о знаменитом убийстве графа Трамонтано, произошедшем в 1514 году после вечерней мессы.