Церковь святого Франциска стоит на одноимённой площади piazza San Francesco, примерно в 350 м на юго-запад от Соборной площади.
Участок земли под монастырь был выделен последователям святого Франциска практически сразу (через 8 дней) после канонизации Франциска Ассизского в 1228 году. Здание нынешней церкви францисканцы начали возводить рядом со своей обителью в 1281 году. Строительство было завершено в 1331 году. Церковь была полностью построена из кирпича. Для Прато это был первый пример общественного кирпичного здания. До этого в городе было принято использовать камень.
Внутреннее пространство церкви (фото) состоит из одного нефа, завершающегося тремя апсидальными капеллами, построенными в готическом стиле. Убранство церкви было переделано в неоготическом стиле в 1902-04 годах. Тем не менее, в церкви сохранилось много старинных предметов обстановки и произведений искусства. Следует обратить внимание на надгробный памятник Джеминьяно Ингирами (около 1460 года, предположительно, работы Паскуино да Монтепульчано). Главный алтарь украшает деревянное раскрашенное распятие (14 век). За алтарём можно видеть надгробие Франческо Датини с плитой из белого мрамора (1411-12, Никколо ди Пьетро Ламберти). Примечателен амвон, выполненный в стиле эпохи Возрождения.
Справа от церкви расположен монастырский двор с ионическими колоннами (1438-40) – один из первых архитектурных примеров стиля эпохи Возрождения в Прато. Двор украшен фресками, некоторые из них датируются началом 14 века. Из двора можно попасть в капеллу Мильорати. На стенах капеллы сохранились фресковые росписи, выполненные Никколо Джерини около 1400 года.