Фасад церкви, посвящённой святому Франциску Ассизскому, выходит на одноименную площадь piazza San Francesco. Это примерно в 600 м на северо-запад от Соборной площади Пистойи.
Легенда гласит, что в 1220 году в Пистойе побывал сам Франциск Ассизский, якобы, он и заложил францисканскую церковь и монастырь. На самом деле, первый камень церкви святого Франциска был заложен в 1289 году. Здание было построено в готическом стиле и в соответствии с традициями нищенствующих орденов (без пышности и излишеств, просто и скромно). В 14-15 веках стены церкви были украшены фресковыми циклами. В конце готической эпохи монастырь пришёл в упадок, лишь в 1707 году был завершён фасад. В 1808 году монастырь был распущен по наполеоновскому указу. В 1819 году монахи вернулись в комплекс и оставались в монастыре до 1866 года, когда монастырь был упразднён. Постройки комплекса были переданы в собственность Коммуны. В 1926 году была проведена реставрация комплекса.
Стены главной капеллы храма покрыты фресками, повествующими о житии святого Франциска (1343). Джорджо Вазари (16 век) писал, что автором этого цикла фресок был Пуччо Капанна. Искусствоведы долго изучали манеру письма художника, в которой прослеживаются болонские черты, и склонились к мнению, что данный цикл принадлежит кисти Дальмазио дельи Сканнабекки.
Капелла Браччолини расписана около 1420 года циклом фресок, посвящённых Богоматери. Капеллу Паццалья украшают фрески, посвящённые святым Антонию и Людовику, кисти Джованни ди Бартоломео Кристиани (вторая половина 14 века). «Эпизоды из жития святого Домнина» в капелле Гаттески написаны Боннаккорсо ди Чино (14 век). В конце 14 века ризница и зал капитула были украшены фресками Антонио Вите.
Некоторые работы, украшавшие ранее церковь святого Франциска, сейчас хранятся в музеях. Алтарный образ 13 века, приписываемый мастеру Коппо ди Марковальдо, сейчас находится в городском музее Пистойи, а «Богоматерь с младенцем и ангелами», считающаяся работой Пьетро Лоренцетти – в Уффици (Флоренция).