дна из самых поздних работ Брунеллески — церковь Санто Спирито (церковь Святого Духа) во Флоренции - трехнефная купольная базилика с боковыми капеллами. Во многом она напоминает церковь Сан-Лоренцо. Обе церкви базиликального типа, обе были законченные после его смерти.
В 1434 году Богатый флорентийский купец Стольдо Фрескобальди собрал строительную комиссию для организации постройки церкви на территории монастыря Санто Спирито. Архитектор Брунеллески выполнил план и модель будущего храма, и в 1436 году началась закладка фундамента, но вскоре из-за недостатка средств работы остановились. Монастырь Санто Спирито обратился за помощью к Большому Совету республики, чтобы сторительство церкви финансировалось продажей соли: по три сольди с каждой четверки проданной коммуной соли. В 1439 году строительство было продолжено, но продвигалось медленно. Только в 1446 году была завезена первая колонна (за 12 дней до смерти Брунеллески). Кончина зодчего послужила причиной длительного прекращения работ, так как первая колонна была установлена только в 1454 году - спустя 18 лет после начала строительства.
Строители церкви, начиная с Манетти, не очень были уверены, как вести постройку, так как рисунки и модель Филиппо не уточняли деталей. Перекрытие и купол были выполнены между 1477 и 1482 годами, а год спустя начались горячие дебаты о том, сколько порталов должен содержать фасад - три или четыре, как планировал самого Брунеллески. Остановились все же на варианте с тремя порталами, что наряду с другими изменениями в немалой степени исказило первоначальный замысел мастера.