Церковь Богоматери с органом находится у левого берега Адидже в 500 метрах на юго-восток от собора. В церкви установлен один из древнейших органов в Италии, выполненный в 1506 году, но название храм получил в средние века, когда находился вблизи гидравлического механизма, качающего воду из реки («organo» – по-итальянски означает «механизм»).
Церковь имеет большую историю. Она была основана между 6 и 8 веками как часть монастыря, разрушена при землетрясении 1117 года и реконструирована. В 14 веке церковь стала приходской, а в середине 15 века отошла к бенедиктинским монахам, которым принадлежала вплоть до роспуска ордена в 1808 году. В 16 веке церковь была несколько перестроена и декорирована известным веронским архитектором и скульптором Фра Джованни да Верона, по проекту которого также была возведена колокольня. В 1547 году под руководством архитектора Санмикели было начато строительство нового мраморного фасада, который не был завершен. В колокольне – шесть колоколов, вылитых в конце 19 века; при звонах используются особая традиционная техника, выработанная в Вероне в 17-18 веках.
Самым знаменитым произведением искусства в церкви являются деревянные хоры, на которых в технике инкрустации изображены городские виды, аллегорические сцены, натюрморты и другие сюжеты. Хоры были выполнены Фра Джованни да Верона в конце 15 века, их восторженно описывал Вазари, называя ризницу (сакристию) церкви самой красивой в Италии.
Под пресвитерием находится крипта, в конструкции которой использованы колонны и капители 8 века.
В прилегающем к ризнице (сакристии) помещении хранится ценнейшая деревянная скульптура 14 века, так называемая «Мулетта», изображающая Иисуса, въезжающего в Иерусалим верхом на муле (фото). Эта статуя участвовала в торжественных процессиях Вербного воскресенья.
Кроме того, в церкви и в ризнице (сакристии) хранится много картин известных итальянских живописцев 15-18 веков, среди которых – полотна виднейших представителей итальянского барокко Луки Джордано и Антонио Балестры.