Как ясно из названия, церковь Богоматери над Минервой, стоит на месте римского храма. Фасад церкви выходит на piazza del Comune – площадь коммуны, расположенную примерно в 200 м западнее кафедрального собора Ассизи.
Римский храм восходит к 1 веку до нашей эры. История сохранила имена инициаторов постройки святилища: Гней Цесий и Тит Цесий Прикс. Долгое время существовало предположение, что храм был посвящён Минерве, оно возникло благодаря найденной женской статуе. Позднее была открыта надпись, позволившая установить, что храм был посвящён Геркулесу.
В 1539 году Ассизи посетил папа Павел III. По его повелению внутри бывшего римского храма была построена церковь, посвящённая Богоматери. В 17 веке эта церковь была перестроена в стиле барокко.
Фасад здания – прекрасно сохранившийся образец римской архитектуры. Шесть стройных коринфских колонн с каннелюрами поддерживают архитрав с небольшим фронтоном. Колонны, предположительно, были изначально покрыты цементом, а их гладкая поверхность, возможно, была раскрашена. Боковые стены здания также восходят к римской эпохе, но они практически не видны за заслонившими их домами. Целла (внутренняя часть храма) была разрушена при строительстве церкви в 16 веке. Недавно был найден фрагмент с замурованной аркой, оставшийся от римского храма, рядом с алтарём церкви. Увидев римский фасад церкви Богоматери над Минервой, Гёте писал: «Вот где сущность древних художников, которую теперь воспринимаю больше, чем когда-либо еще: они умели во всем проявить себя подобно природе и умели все же создать нечто истинное, нечто живое».
Внутри церковь Богоматери сохранила барочное убранство (17 век).