Ботанический сад Падуанского университета создан в 1545 г и считается одним из первых в мире. Строительство Сада велось по указанию Сената Венецианской республики; Сад должен был специализироваться на выращивании лекарственных растений для медицинского факультета Падуанского университета. В 16 веке директором Ботанического сада был знаменитый анатом Габриэль Фаллопий.
Нынешний вид сад принял в 17-18 веках, когда были построены основные здания Сада, а также воздвигнуты мраморные статуи и открыты фонтаны.
В 1997 году Падуанский ботанический сад был занесён ЮНЕСКО в число памятников Всемирного наследия.