Странноприимный дом был открыт в Боне в середине 15 века во времена правления герцога Филиппа III Доброго его канцлером Николасом Роленом, и с тех пор ни разу не прекращал свою работу до наших дней. Конечно, сейчас медицинский центр размещается в другом месте, а в первоначальном здании, сохранившемся нетронутым с 15 века, размещается музей.
Указ о строительстве был подписан 4 августа 1443 года, а в январе 1452 был принят первый пациент. С тех пор старики, инвалиды, сироты, неимущие могли приходить в Hôtel Dieu и получать здесь лечение и приют. Вскоре в 1459 в Боне был создан орден сестер милосердия, которые, работая в Hôtel Dieu, сочетали монашескую жизнь и помощь бедным.
Благотворительная деятельность сделала Hôtel Dieu очень известным в Бургундии и позволила собирать щедрые пожертвования. Причем эти пожертвования производились не только деньгами, но и землями, недвижимостью, произведениями искусства. В результате Hôtel Dieu сейчас владеет десятком зданий в Боне, обширными виноградниками вокруг него, одним из самых больших винных погребов и прекрасной коллекцией произведений искусства, выставленной в его музее, шедевром которой является «Страшный суд» знаменитого фламандского художника Рогира ван дер Вейдена.
Со временем аналогичные заведения стали открываться вокруг Hôtel Dieu и в Боне и в небольших соседних городках, в результате чего было создано объединение, получившее название Hospices de Beaune.