Безансон со времен Средневековья защищен одной из самых крупных сетей укреплений во Франции. На территории самого города и его предместий располагается шестнадцать различных фортов, из которых 12 имеет статус исторического памятника, а Цитадель и форт Гриффон Вобана является объектом Всемирного Наследия ЮНЕСКО.
Форт Плануаз (Planoise) располагается на одноименной улице (rue Fort de Planoise) в пяти километрах к юго-западу от кафедрального собора. Он был построен 1882 году с целью защиты путей на Дижон и Лион, а также железную дорогу Доль - Дижон. Сейчас форт Плануаз занят благотворительной организацией «Эммаус».
С другой стороны от собора примерно на таком же расстоянии расположен форт Шодан (Chaudanne) . Он был возведен в 1792 году, и в значительной степени перестроен в 1841. Он был предназначен для защиты исторического центра города. Во Вторую мировую войну форт Шодан был освобожден американскими войсками с большими потерями. В память об этом событии перед ним стоит мемориал, посвященный американским солдатам, погибшим при освобождении форта.
Один из самых старых фортов Безансона – форт Гриффон (Griffon) – находится в полутора километрах к северо-западу от собора святого Иоанна. Он был построен в 1595 году итальянским архитектором Жаном Гриффони, от фамилии которого и происходит его название. В 1668 году он был перестроен Вобаном. Крупный форт включает в себя казармы, казематы, капеллу, просторную резиденцию для начальника форта и пороховой склад. Несмотря на широкие стратегические возможности, форт Гриффон практически никогда не участвовал непосредственно в обороне города, и использовался долгое время сначала в качестве казармы, а после Революции – в качестве тюрьмы. Начиная со второй половины 20 века, он является зданием Педагогического института региона Франш-Конте. Форт Гриффон включен в перечень объектов всемирного наследия ЮНЕСКО.
В 10 км к востоку от Безансона в городке Монфокон (Montfaucon) находится конгломерат укреплений 19 века, состоящий из форта, редута, арсенала и нескольких других сооружений. Они расположены на холме на правом берегу реки Ду, на высоте примерно 350 метров. Фортификации Монфокона печально известны катастрофой, произошедшей здесь в 1906 году, когда вследствие неосторожного обращения с порохом в арсенале произошел взрыв, повлекший за собой множество жертв. Сейчас форт Монфокон все еще имеет стратегическое значение и принадлежит вооруженным силам Франции.
Помимо сети фортов, укрепления Безансона включают в себя множество отдельных башен, стоящих в основном вдоль реки Ду и защищающих исторический центр города.
Одна из самых старинных, башня Пелот (Pelote) , расположенная на набережной Страсбург, была построена в конце 15 века и несколько изменена Вобаном в 17 веке. Сейчас в ней находится ресторан.
Очень эффектная пятиугольная башня Шомар (Chamars) расположена в километре к западу от кафедрального собора. Она была возведена Себастьяном Вобаном в 1678 году для защиты западной части исторического центра города. Башня Шомар построена из кирпича – для того, чтобы в случае попадания в нее снаряда разлетающиеся осколки камня не ранили находящихся внутри солдат.
Башня Ривот (Tour de Rivotte) – или бастион ворот Ривот, как ее еще называют – расположена на одноименной набережной буквально в трехстах метрах от кафедрального собора. Построенная в последней четверти 17 века, она являлась частью системы укреплений, призванных защищать восток центра города.
Рядом с Башней Ривот находятся Ворота Ривот (Porte Rivotte) , которые были построены в 16 веке. Позже, по приказу императора Священной Римской империи Карла V, между двумя башенками был установлен подъемный мост. Когда графство Франш–Конте снова стало французским, центральная часть ворот над подъемным мостом была декорирована изображением солнца – эмблемой короля Людовика XIV. В 1893 году ворота подверглись последним изменениям: в обеих башенках были устроены проходы для пешеходов.
Интересным памятником являются ворота Тайе (Porte Taillee). Они располагаются в проеме, вырезанном в скале еще во 2 веке: первоначально это была часть акведука, построенного при императоре Марке Аврелии. Часть этого акведука сохранилась на археологической территории Кастан. Акведук протяженностью 12 километров соединял Безансон и источники в области Арсьер. В 17 веке Себастьян Вобан использовал прежний тоннель в скале, оставшийся от римского акведука, для постройки укрепленных ворот, контролировавших путь, ведущий в Швейцарию.