Совсем рядом с Доминиканской церковью находится Музей Унтерлинден, один из самых посещаемых художественных музеев Франции. На протяжении более 150 лет музей управляется независимым Обществом Шонгауэра, но одновременно с этим он контролируется Дирекцией музеев Франции. Музей хранит коллекцию сакрального искусства Верхнего Рейна периода от Средневековья до Возрождения. Главным экспонатом, обеспечившим музею всемирную известность, является Изенгеймский алтарь Маттиаса Грюневальда 16 века. Также здесь представлены работы художников Мартина Шонгауэра, Гольбейна Старшего, Каспара Изенмана.
Музей расположен в готическом здании 13 века, бывшем доминиканском монастыре. Возникновению музея способствовал целый ряд событий: создание Общества Шонгауэра и формирование коллекции гравюр Луи Гюго в 1847 году, обнаружение в Бергхайме в 1848 году галло-романской мозаики, которая хранится в часовне Унтерлинден. Наконец, в 1852 году собрание произведений эпохи Революции было перевезено в старый доминиканский монастырь. Таким образом, здания монастыря были спасены от сноса, и музей открыл свои двери 3 апреля 1853 года.
В здании церкви, которая была построена в 1262 - 1269 годах, выставлен Изенгеймский алтарь Маттиаса Грюневальда.
Клуатр (галереи, открывающиеся во внутренний двор) был построен после церкви, во второй половине 13 века. В 18 веке галереи были надстроены вторым этажом, где располагались дополнительные кельи.
Среди уникальных экспонатов музея можно увидеть:
* клавесин, созданный Иоганом Рукерсом в Антверпене в 1624 году, который украшал салоны замка в Конте-ан-Бри в департаменте Эна, пока музей не приобрел его в 1980 году, проведя тщательную реставрацию;
* коллекцию подстекольной живописи: картины выполнены по уникальной технологии нанесения рисунка на обратную сторону стеклянной пластины, которая требовала исключительной виртуозности и приводила к бесподобному результату: ни одно лаковое покрытие не могло сравниться с блеском стекла, тому подтверждение - произведения Франца Николаса Хальденвангера (1680 - 1753), Никлауса Шпренглера (1700 - 1776) и его школы;
* наконец, хотя Унтерлинден и не является военным музеем, он содержит одну из самых значительных коллекций оружия в Эльзасе, периода от Средневековья до 19 века. Коллекция включает в себя оружие для охоты, военное оружие, парадное вооружение. Также в музее открыта галерея современного искусства, и выставлено собрание археологических находок эпохи до Меровингов.