Первое упоминание о коллегиальной церкви святого Петра, которая находилась в нынешнем квартале Vieux-Lille, содержится в дарственной 1066 года. В это время здесь образовался капитул, и один из самых могущественных графов Фландрии Бодуэн V Благочестивый пожаловал ему часть территорий древнего римского поселения, ферму в коммуне Флер-ле-Лилль и две трети дохода церквушки в деревне Аннапп.
В 1072 было начато строительство церкви, а в 1088 году капитул получает ещё один щедрый дар от Турне-Нуайонского епископа Радебода, и с этого момента начинается период расцвета коллегиальной церкви, которая постепенно превращается в одного из богатейших землевладельцев региона. При коллегиальной церкви было учебное заведение с таким высоким качеством обучения, что даже после открытия двух светских школ, каноники долгое время оставались практически монополистами в области образования.
В 1566 году церковь захватили и практически разрушили кальвинисты, спустя сто лет восстановленный храм горел вместе с полусотней городских домов, и в таком обгоревшем состоянии он просуществовал до конца 80-х годов. Затем капитул решил снести остатки церкви и построить новое здание, но едва успели заложить его фундамент, как грянула Революция, и культ упразднили.
Храм, который семь с половиной веков был религиозным центром Лилля, перестал существовать. От первой – романской церкви 11 века - остались части крипты, признанные историческим памятником. В крипте когда-то хранился кусок цепи, которой приковывали святого Петра, её привёз в 1090 из Иерусалима Робер лё Фрисон, граф Фландрии. Здесь же находилась самшитовая статуэтка Богоматери Крипты, считавшаяся чудотворной. Готическая церковь осталась в рисунках, сохранились лишь две арки монастырского двора и церковные подвалы