Кафедральный собор святого Иоанна Крестителя расположен в северной части старого города, в 700 м к северу от дворца.
Это готический храм, построенный в 1324-1509 годах. В качестве главного собора города он пришел на смену Старой Церкви Иоанна (église Saint-Jean-le-Vieux), которая была построена в 12-13 веках и в настоящий момент оказалась примыкающей к его северной стороне. Приказ о строительстве нового здания отдал король Санчо I Мальоркский, столицей которого был Перпиньян. Строительство храма из-за войн между Мальоркой и Арагоном неоднократно прерывалось на длительный срок, а в 1436 году был изменен план строительства — три узких нефа были заменены на один большой.
Хорошо сохранилась богатая обстановка собора: алтарная преграда (16, 19 век), каменная купель романского периода, орган (16 век), неоготические витражи (19 век). Фрески, украшающие собор, были выполнены во 2-й пол. 19 века Жаком Поте. В своде трансепта недавно обнаружено особое отверстие (trou de la Pentecôte), предназначенное для ритуала в День Сошествия святого Духа: в Троицын день служка забирался на кровлю и сбрасывал вниз на верующих цветы, которые символизировали сошествие святого Духа. В одной из капелл собора находится захоронение короля Санчо. Также перпиньянский собор — одно из нескольких мест, где показывают голову и десницу Иоанна Крестителя.
С северного фасада к собору примыкает Старая церковь. Это небольшое романское здание было частично разрушено в 18 веке. В конце 19 века здесь разместилась электростанция, что плохо отразилось на его состоянии. Восстановление Старой церкви началось с 1970-х годов. От нее остался неф с боковыми проходами, конец трансепта и святилища, правая апсида. Любопытен южный портал Старой церкви — он был сделан из белого мрамора в 13 веке с своеобразной скульптурной декорацией. Колокольня, которая стоит между Старой церковью и новым храмом — в основе средневековая, но три верхних этажа были надстроены из кирпича в начале 18 века.
С южного фасада к собору примыкает квадратный монастырь с кладбищем (Campo Santo). Он является старейшим зданием типа погребальной обители во Франции. Его строительство началось, вероятно, в конце 13 - начале 14 веков, и закончилось к середине 14 века. Оно состояло из четырех галерей длиной по 54 метра, и тремя рядами склепов.
Серьезно поврежденный во время Французской революции ансамбль кладбища, в частности, утративший галереи клуатра, был отреставрирован к 1991 году, после того, как отсюда выселили жандармерию. В 1825 году посредине было построено здание епархиальной семинарии, что привело к разрушению западной галереи. В настоящий момент самую любопытную его часть составляют склепы, в стены многих из которых вмонтированы рельефы. Многие скульптурные элементы, найденные во время раскопок, были перемещены для экспозиции в Монастырь минимов.
Также в комплекс соборных зданий входит Погребальная капелла (chapelle Funéraria) 14 века с единственным нефом, любопытная окнами работы американского художника Ширли Джаффе 1999 года; капелла Христа Распятого (chapelle du Dévot-Christ), известная благодаря своей натуралистической скульптуре Распятия 14 века; и госпиталь святого Иоанна (hôpital St Jean).