Цитадель с четырьмя бастионами, построенная Вобаном в 1680 году, расположилась на одной из возвышенностей предместья на левом берегу реки Адур и вместе со Старым замком и Новым замком составляла комплекс оборонительных сооружений города.
Начиная с 15 века, когда французская армия под предводительством графа де Дюнуа захватила город, Байонна становится стратегически важной позицией для французского короля Франциска I, и именно поэтому он решает усилить защиту города новыми оборонительными укреплениями.
Последний раз Цитадель послужила оборонительным сооружением в 1814 году во время столкновения между войсками под предводительством английского фельдмаршала Веллингтона и войсками французского маршала Сульта.
В данный момент в цитадели расположился 1-ый парашютный полк морской пехоты.