Церковь святого Иоанна Крестителя находится на набережной святого Иоанна (Quai Saint-Jean), примерно в 400 метрах к юго-востоку от вокзала Страсбурга. Церковь была построена в 1477 году и изначально была церковью при монастыре святого Марка. Посвящение Иоанну Крестителю она получила уже в 1687 году, когда монастырь был передан ордену святого Иоанна Иерусалимского, которому принадлежал вплоть до недавнего времени. Тогда же многие монастырские постройки были перестроены в соответствии с актуальным в это время стилем барокко, и церковь святого Иоанна Крестителя также получила многочисленные барочные украшения.
Церковь сильно пострадала от американских бомбардировок в ходе Второй Мировой войны. В 1962-64 годах были проведены масштабные работы по реставрации. С 15 века, тем не менее, сохранилась богато украшенная орнаментами купель, частично сохранились фрески на южной стене здания.