Церковь Марии Магдалины расположена на улице rue de la Madeleine в 1,5 км к северо-западу от кафедрального собора святого Иоанна.
На этом месте, как часто бывает, еще со времени Средневековья сменяли друг друга церкви, посвященные Марии Магдалине – первая из них была построена в середине 11 века при епископе Безансона Гуго I. Изящное здание в классическом стиле, которое мы видим здесь в наши дни, было возведено в середине 18 века. Строительные работы заняли двадцать лет – с 1746 по 1766 год. Ими руководил безансонский архитектор Николя Николь, которому также принадлежат проекты часовни госпиталя святого Иакова и монастырской церкви в Бом-ле-Дам. Чуть позднее, в 1830 году, к зданию были добавлены две башни по краям фасада.
В интерьере церкви Марии Магдалины стоит отметить серию скульптур в натуральную величину и скульптурных групп, изображающих новозаветные сюжеты. Эти скульптуры, располагающиеся в многочисленных капеллах церкви, выполнены Огюстом Клезанжером.