Церковь Богоматери располагается на улице rue Megevand в полукилометре к северо-западу от кафедрального собора святого Иоанна Богослова. Эта церковь была построена между 1080 и 1085 годами архиепископом Безансона Гуго II. Первоначально она являлась монастырской церковью аббатства святого Викентия, которое на протяжении долгого времени было вторым по значимости местом культа после кафедрального собора Безансона. Во время Революции монашеская община была распущена, и уже в период Империи бывшее аббатство святого Викентия стало приходской церковью Богоматери.
Несколько раз перестраивавшееся здание сочетает в себе несколько архитектурных стилей. От первоначальной постройки в романском стиле сохранились только некоторые элементы нефа. Основная часть здания относится к 16 веку и к стилю пламенеющей готики. Фасад церкви с неоклассическим порталом, украшенным несколькими статуями и барельефами, был выполнен уже в 18 веке.
Сейчас бывшие монастырские постройки и сама церковь являются собственностью Университета Безансона.