Кокосовые острова впервые были открыты капитаном Вильямом Килингом (William Keeling), представителем Восточно-Индийской Компании в 1609 году.
6 декабря 1825 года острова посетил британский капитан Джон Клюниз-Росс (John Clunies-Ross). 27 февраля 1827 года он основал на острове Южном поселение, а в 1831 году — завладел всеми островами, объявив их феодальным владением семейства Клюниз-Росс.
С 23 ноября 1955 года острова переданы под управление Австралии. 1 сентября 1978 правительсво Австралии выкупило у потомка Клюниз-Росса практически всю землю, за исключением его родового поместья на острове Хоум.