52% населения – приверженцы традиционных верований (анимализм, фетишизм, культ предков, сил природы и др.), 41% исповедуют христианство (приблизительно равное количество католиков и протестантов), 7% составляют мусульмане-сунниты из числа переселенцев с Коморских островов и Пакистана.
Христианство на Мадагаскаре распространялось довольно медленно. Во-первых, потому, что это одна из немногочисленных стран в мире, где большинство населения — убежденные последователи племенных религий. Даже среди обращенных можно видеть следы сильного влияния древних племенных верований. И вторая проблема распространения — это изоляция населенных пунктов, из-за чего миссионеры не могут часто навещать селения, и местные жители часто возвращаются к своей племенной религии. Церковь Иисуса Христа на Мадагаскаре, объединившая местных конгрегационалистов, реформатов и квакеров. Все отмеченные африканские объединённые церкви были созданы по желанию самих сливающихся религиозных организаций.