Церковь святого Иоанна Богослова на горе находится на площади San Giovanni in Monte, примерно в 500 м к юго-востоку от Пьяцца Маджоре.
По преданию, строительство было начато в 433 году. Точных исторических сведений нет, но несомненно, что церковь начали строить в тот исторический период, когда Западная Римская империя пала, а Болонья начала расцветать. Важной фигурой в этот период в городе был епископ Петроний. При нём был заложен комплекс святого Стефана, прообразом которого стал иерусалимский храм Гроба Господня. В этот замысел вписывается и церковь святого Иоанна. Она должна была олицетворять Масличную гору.
Элегантный фасад создан по венецианским и феррарским образцам. В протире установлен терракотовый орёл – эмблема Иоанна Богослова (1481, Николо да Бари). Восьмиугольный купол был возведён в 1496 году. Колокольная башня строилась в 13-15 веках.
Внутреннее пространство разделено на три нефа восьмиугольными колоннами, на которых написаны изображения святых, аббатов, каноников. В церкви 17 алтарей. Для 12-ой капеллы, посвященной святой Кикилии, картина была заказана у Рафаэля (1513). Сейчас в капелле находится копия, оригинал выставлен в Болонской пинакотеке. В 17-ой капелле хранятся три работы Гверчино (17 век). Деревянная фигурка Христа небольшого алтаря в центре церкви приписывается резцу Альфонсо Ломбарди (16 век). В церкви были также работы Липпо ди Дальмазио (1352-1410) и Перуджино (1500-01,«Богоматерь во славе со святыми», перемещена в Болонскую пинакотеку).