Построенная в 14 веке в строгом романско-готическом стиле церковь святого Франциска длительное время считалась пантеоном города – местом, где похоронены многие представители знатных семей Урбино. Храм, первоначально двухнефный, был реконструирован в середине 18 века. От прежней церкви остался только богато украшенный портал начала 16 века и прекрасная готическая колокольня слева от главного здания.
Внутренняя часть церкви сейчас трехнефная, в форме латинского креста, покрыта высоким куполом. В интерьере – могилы родителей Рафаэля (сам великий художник похоронен в Пантеоне в Риме), художников Тимотео Вити и Федерико Бароччи, в хоре – «Прощение Ассизи» Бароччи, в правом нефе в нише замечательные фрески работы неизвестного мастера умбрийской школы 15 века.